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Structure paper

タイトルStructure of a group II intron in complex with its reverse transcriptase.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 23, Issue 6, Page 549-557, Year 2016
掲載日2016年5月2日
著者Guosheng Qu / Prem Singh Kaushal / Jia Wang / Hideki Shigematsu / Carol Lyn Piazza / Rajendra Kumar Agrawal / Marlene Belfort / Hong-Wei Wang /
PubMed 要旨Bacterial group II introns are large catalytic RNAs related to nuclear spliceosomal introns and eukaryotic retrotransposons. They self-splice, yielding mature RNA, and integrate into DNA as ...Bacterial group II introns are large catalytic RNAs related to nuclear spliceosomal introns and eukaryotic retrotransposons. They self-splice, yielding mature RNA, and integrate into DNA as retroelements. A fully active group II intron forms a ribonucleoprotein complex comprising the intron ribozyme and an intron-encoded protein that performs multiple activities including reverse transcription, in which intron RNA is copied into the DNA target. Here we report cryo-EM structures of an endogenously spliced Lactococcus lactis group IIA intron in its ribonucleoprotein complex form at 3.8-Å resolution and in its protein-depleted form at 4.5-Å resolution, revealing functional coordination of the intron RNA with the protein. Remarkably, the protein structure reveals a close relationship between the reverse transcriptase catalytic domain and telomerase, whereas the active splicing center resembles the spliceosomal Prp8 protein. These extraordinary similarities hint at intricate ancestral relationships and provide new insights into splicing and retromobility.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:27136327 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.8 - 4.5 Å
構造データ

3331

5g2x

EMDB-3331: Structure of a Group II Intron Complexed with its Reverse Transcriptase
PDB-5g2x: Structure a of Group II Intron Complexed with its Reverse Transcriptase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

3332

5g2y

EMDB-3332: Structure of a Group II Intron Complexed with its Reverse Transcriptase
PDB-5g2y: Structure a of Group II Intron Complexed with its Reverse Transcriptase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-3333:
Structure of a Group II Intron Complexed with its Reverse Transcriptase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

由来
  • lactococcus lactis (乳酸菌)
  • lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
キーワードTRANSFERASE / GROUP II INTRONS / RIBONUCLEOPROTEIN / INTRON-ENCODED PROTEIN / RETROTRANSPOSONS AND SPLICEOSOM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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