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タイトルAcidic pH-Induced Conformations and LAMP1 Binding of the Lassa Virus Glycoprotein Spike.
ジャーナル・号・ページPLoS Pathog, Vol. 12, Issue 2, Page e1005418, Year 2016
掲載日2016年2月5日
著者Sai Li / Zhaoyang Sun / Rhys Pryce / Marie-Laure Parsy / Sarah K Fehling / Katrin Schlie / C Alistair Siebert / Wolfgang Garten / Thomas A Bowden / Thomas Strecker / Juha T Huiskonen /
PubMed 要旨Lassa virus is an enveloped, bi-segmented RNA virus and the most prevalent and fatal of all Old World arenaviruses. Virus entry into the host cell is mediated by a tripartite surface spike complex, ...Lassa virus is an enveloped, bi-segmented RNA virus and the most prevalent and fatal of all Old World arenaviruses. Virus entry into the host cell is mediated by a tripartite surface spike complex, which is composed of two viral glycoprotein subunits, GP1 and GP2, and the stable signal peptide. Of these, GP1 binds to cellular receptors and GP2 catalyzes fusion between the viral envelope and the host cell membrane during endocytosis. The molecular structure of the spike and conformational rearrangements induced by low pH, prior to fusion, remain poorly understood. Here, we analyzed the three-dimensional ultrastructure of Lassa virus using electron cryotomography. Sub-tomogram averaging yielded a structure of the glycoprotein spike at 14-Å resolution. The spikes are trimeric, cover the virion envelope, and connect to the underlying matrix. Structural changes to the spike, following acidification, support a viral entry mechanism dependent on binding to the lysosome-resident receptor LAMP1 and further dissociation of the membrane-distal GP1 subunits.
リンクPLoS Pathog / PubMed:26849049 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー)
解像度13.6 - 16.7 Å
構造データ

EMDB-3290:
Sub-tomogram averaging of Lassa virus glycoprotein spike from fixed virions
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 13.6 Å

EMDB-3291:
Sub-tomogram averaging of Lassa virus glycoprotein spike from virus-like particles at pH 7
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 13.9 Å

3292

5ft2

EMDB-3292: Sub-tomogram averaging of Lassa virus glycoprotein spike from virus-like particles at pH 5
PDB-5ft2: Sub-tomogram averaging of Lassa virus glycoprotein spike from virus- like particles at pH 5
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 16.4 Å

EMDB-3293:
Sub-tomogram averaging of Lassa virus glycoprotein spike from virus-like particles at pH 5 in complex with purified LAMP1 fragment
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 14.8 Å

EMDB-3294:
Sub-tomogram averaging of Lassa virus glycoprotein spike from virus-like particles at pH 3
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 16.7 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • lassa virus (ウイルス)
キーワードCELL ADHESION / MEMBRANE PROTEIN / GLYCOPROTEIN / RECEPTOR BINDING / MEMBRANE FUSION

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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