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タイトルA unified mechanism for proteolysis and autocatalytic activation in the 20S proteasome.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 7, Page 10900-10900, Year 2016
掲載日2015年7月31日 (構造データの登録日)
著者Huber, E.M. / Heinemeyer, W. / Li, X. / Arendt, C.S. / Hochstrasser, M. / Groll, M.
リンクNat Commun / PubMed:26964885
手法X線回折
解像度2.3 - 2.9 Å
構造データ

PDB-5cz4:
Yeast 20S proteasome at 2.3 A resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-5cz5:
Yeast 20S proteasome beta1-T1A mutant in complex with Carfilzomib
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-5cz6:
Yeast 20S proteasome beta5-T1A mutant in complex with Syringolin A, propeptide expressed in trans
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-5cz7:
Yeast 20S proteasome beta5-T1A beta5-K81R double mutant in complex with Bortezomib, propeptide expressed in cis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-5cz8:
Yeast 20S proteasome beta5-L(-49)S-K33A mutant in complex with Carfilzomib
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-5cz9:
Yeast 20S proteasome beta5-D17N mutant in complex with Carfilzomib; Propeptide expressed in trans
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.9 Å

PDB-5cza:
Yeast 20S proteasome beta5-D166N mutant
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-5d0s:
Yeast 20S proteasome beta5-D166N mutant in complex with Carfilzomib
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-5d0t:
Yeast 20S proteasome beta5-D166N mutant in complex with MG132
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

PDB-5d0v:
Yeast 20S proteasome beta5-T1C mutant in complex with Carfilzomib
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.9 Å

PDB-5d0w:
Yeast 20S proteasome beta5-T1S mutant
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-5d0x:
Yeast 20S proteasome beta5-T1S mutant in complex with Bortezomib
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

PDB-5d0z:
Yeast 20S proteasome beta5-T1S mutant in complex with Carfilzomib
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.9 Å

PDB-5fg7:
Yeast 20S proteasome beta2-T1A mutant
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-5fg9:
Yeast 20S proteasome beta2-T(-2)V mutant
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

PDB-5fga:
Yeast 20S proteasome beta5-K33A mutant (propeptide expressed in trans)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-5fgd:
Yeast 20S proteasome beta5-H(-2)L-T1A double mutant in complex with Carfilzomib
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-5fge:
Yeast 20S proteasome beta5-H(-2)T-T1A double mutant in complex with Carfilzomib
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

PDB-5fgf:
Yeast 20S proteasome beta5-H(-2)A-T1A-K81R triple mutant in complex with Carfilzomib
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

PDB-5fgg:
Yeast 20S proteasome beta5-L(-49S)_D17N double mutant in complex with Carfilzomib
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-5fgh:
Yeast 20S proteasome beta5-K33A mutant (propeptide expressed in trans) in complex with MG132
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-5fgi:
Yeast 20S proteasome beta1-T1A beta2-T1A double mutant in complex with Carfilzomib
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.9 Å

PDB-5fhs:
Yeast 20S proteasome beta5-K33A mutant (propeptide expressed in trans) in complex with Carfilzomib
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-HOH:
WATER /

ChemComp-3BV:
N-{(2S)-2-[(morpholin-4-ylacetyl)amino]-4-phenylbutanoyl}-L-leucyl-N-[(2R,3S,4S)-1,3-dihydroxy-2,6-dimethylheptan-4-yl]-L-phenylalaninamide / 薬剤, 抗がん剤, 阻害剤*YM / カルフィルゾミブ

ChemComp-MES:
2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / pH緩衝剤*YM / MES (緩衝剤)

ChemComp-SRG:
(2S)-2-[[(2S)-1-[[(5S,8S,9E)-2,7-dioxo-5-propan-2-yl-1,6-diazacyclododeca-3,9-dien-8-yl]amino]-3-methyl-1-oxo-butan-2-yl]carbamoylamino]-3-methyl-butanoic acid

ChemComp-BO2:
N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE / ボルテゾミブ / 薬剤, 抗がん剤*YM / ボルテゾミブ

ChemComp-ALD:
N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-leucyl-N-[(2S)-1-hydroxy-4-methylpentan-2-yl]-L-leucinamide

由来
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
  • synthetic construct (人工物)
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE complex / Ubiquitin-Degradation System / Proteasome (プロテアソーム) / NTN-Hydrolase / Thr-Protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex / Mutant (ミュータント (人類)) / Inhibitor / Binding Analysis / HYDROLASE complex (加水分解酵素)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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