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タイトルStructural basis for RNA replication by the hepatitis C virus polymerase.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 347, Page 771-775, Year 2015
掲載日2014年10月29日 (構造データの登録日)
著者Appleby, T.C. / Perry, J.K. / Murakami, E. / Barauskas, O. / Feng, J. / Cho, A. / Fox, D. / Wetmore, D.R. / McGrath, M.E. / Ray, A.S. ...Appleby, T.C. / Perry, J.K. / Murakami, E. / Barauskas, O. / Feng, J. / Cho, A. / Fox, D. / Wetmore, D.R. / McGrath, M.E. / Ray, A.S. / Sofia, M.J. / Swaminathan, S. / Edwards, T.E.
リンクScience / PubMed:25678663
手法X線回折
解像度2 - 2.9 Å
構造データ

PDB-4wt9:
APO CRYSTAL STRUCTURE OF HCV NS5B GENOTYPE 2A JFH-1 ISOLATE WITH E86Q E87Q S15G C223H V321I AND DELTA8 MUTATIONS
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-4wta:
CRYSTAL STRUCTURE OF HCV NS5B GENOTYPE 2A JFH-1 ISOLATE WITH S15G E86Q E87Q C223H V321I MUTATIONS AND DELTA8 BETA HAIRPIN LOOP DELETION IN COMPLEX WITH UDP, MN2+ AND SYMMETRICAL PRIMER TEMPLATE 5'-CAAAAUUU
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-4wtc:
CRYSTAL STRUCTURE OF HCV NS5B GENOTYPE 2A JFH-1 ISOLATE WITH S15G E86Q E87Q C223H V321I MUTATIONS AND DELTA8 BETA HAIRPIN LOOP DELETION IN COMPLEX WITH CDP, MN2+ AND SYMMETRICAL PRIMER TEMPLATE 5'-AGAAAUUU
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.75 Å

PDB-4wtd:
CRYSTAL STRUCTURE OF HCV NS5B GENOTYPE 2A JFH-1 ISOLATE WITH S15G E86Q E87Q C223H V321I MUTATIONS AND DELTA8 BETA HAIRPIN LOOP DELETION IN COMPLEX WITH ADP, MN2+ AND SYMMETRICAL PRIMER TEMPLATE 5'-AUAAAUUU
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-4wte:
CRYSTAL STRUCTURE OF HCV NS5B GENOTYPE 2A JFH-1 ISOLATE WITH S15G E86Q E87Q C223H V321I MUTATIONS AND DELTA8 BETA HAIRPIN LOOP DELETION IN COMPLEX WITH GDP, MN2+ AND SYMMETRICAL PRIMER TEMPLATE 5'-ACAAAUUU
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.9 Å

PDB-4wtf:
CRYSTAL STRUCTURE OF HCV NS5B GENOTYPE 2A JFH-1 ISOLATE WITH S15G E86Q E87Q C223H V321I MUTATIONS AND DELTA8 BETA HAIRPIN LOOP DELETION IN COMPLEX WITH GS-639475, MN2+ AND SYMMETRICAL PRIMER TEMPLATE 5'-CAAAAUUU
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.65 Å

PDB-4wtg:
CRYSTAL STRUCTURE OF HCV NS5B GENOTYPE 2A JFH-1 ISOLATE WITH S15G E86Q E87Q C223H V321I MUTATIONS AND DELTA8 BETA HAIRPIN LOOP DELETION IN COMPLEX WITH SOFOSBUVIR DIPHOSPHATE GS-607596, MN2+ AND SYMMETRICAL PRIMER TEMPLATE 5'-CAAAAUUU
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.9 Å

PDB-4wti:
CRYSTAL STRUCTURE OF HCV NS5B GENOTYPE 2A JFH-1 ISOLATE WITH S15G E86Q E87Q C223H V321I MUTATIONS IN COMPLEX WITH RNA TEMPLATE 5'-ACGG, RNA PRIMER 5'-PCC, MN2+, AND GDP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-4wtj:
CRYSTAL STRUCTURE OF HCV NS5B GENOTYPE 2A JFH-1 ISOLATE WITH S15G E86Q E87Q C223H V321I MUTATIONS IN COMPLEX WITH RNA TEMPLATE 5'-AUCC, RNA PRIMER 5'-PGG, MN2+, AND ADP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-4wtk:
CRYSTAL STRUCTURE OF HCV NS5B GENOTYPE 2A JFH-1 ISOLATE WITH S15G E86Q E87Q C223H V321I MUTATIONS IN COMPLEX WITH RNA TEMPLATE 5'-AGCC, RNA PRIMER 5'-PGG, MN2+, AND CDP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-4wtl:
CRYSTAL STRUCTURE OF HCV NS5B GENOTYPE 2A JFH-1 ISOLATE WITH S15G E86Q E87Q C223H V321I MUTATIONS IN COMPLEX WITH RNA TEMPLATE 5'-UACC, RNA PRIMER 5'-PGG, MN2+, AND UDP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-4wtm:
CRYSTAL STRUCTURE OF HCV NS5B GENOTYPE 2A JFH-1 ISOLATE WITH S15G E86Q E87Q C223H V321I MUTATIONS IN COMPLEX WITH RNA TEMPLATE 5'-UAGG, RNA PRIMER 5'-PCC, MN2+, AND UDP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

化合物

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-EPE:
4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / pH緩衝剤*YM

ChemComp-PG6:
1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-UDP:
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP / UDP*YM

ChemComp-CDP:
CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / CDP

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-5GS:
2'-C-methyluridine 5'-(trihydrogen diphosphate)

ChemComp-6GS:
2'-deoxy-2'-fluoro-2'-methyluridine 5'-(trihydrogen diphosphate)

ChemComp-B3P:
2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル] / pH緩衝剤*YM

ChemComp-PG4:
TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

由来
  • hepatitis c virus jfh-1 (C型肝炎ウイルス)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードTRANSFERASE / HCV / VIRAL / NS5B / RDRP / RESISTANCE MUTATION / DELTA8 BETA HAIRPIN LOOP DELETION / Transferase/RNA / TEMPLATE / PRIMER / PRIMED INITIATION / Transferase-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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