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タイトルStructures of the Sec61 complex engaged in nascent peptide translocation or membrane insertion.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 506, Issue 7486, Page 107-110, Year 2014
掲載日2014年2月6日
著者Marko Gogala / Thomas Becker / Birgitta Beatrix / Jean-Paul Armache / Clara Barrio-Garcia / Otto Berninghausen / Roland Beckmann /
PubMed 要旨The biogenesis of secretory as well as transmembrane proteins requires the activity of the universally conserved protein-conducting channel (PCC), the Sec61 complex (SecY complex in bacteria). In ...The biogenesis of secretory as well as transmembrane proteins requires the activity of the universally conserved protein-conducting channel (PCC), the Sec61 complex (SecY complex in bacteria). In eukaryotic cells the PCC is located in the membrane of the endoplasmic reticulum where it can bind to translating ribosomes for co-translational protein transport. The Sec complex consists of three subunits (Sec61α, β and γ) and provides an aqueous environment for the translocation of hydrophilic peptides as well as a lateral opening in the Sec61α subunit that has been proposed to act as a gate for the membrane partitioning of hydrophobic domains. A plug helix and a so-called pore ring are believed to seal the PCC against ion flow and are proposed to rearrange for accommodation of translocating peptides. Several crystal and cryo-electron microscopy structures revealed different conformations of closed and partially open Sec61 and SecY complexes. However, in none of these samples has the translocation state been unambiguously defined biochemically. Here we present cryo-electron microscopy structures of ribosome-bound Sec61 complexes engaged in translocation or membrane insertion of nascent peptides. Our data show that a hydrophilic peptide can translocate through the Sec complex with an essentially closed lateral gate and an only slightly rearranged central channel. Membrane insertion of a hydrophobic domain seems to occur with the Sec complex opening the proposed lateral gate while rearranging the plug to maintain an ion permeability barrier. Taken together, we provide a structural model for the basic activities of the Sec61 complex as a protein-conducting channel.
リンクNature / PubMed:24499919
手法EM (単粒子)
解像度5.5 - 7.8 Å
構造データ

2510

4cg7

EMDB-2510, PDB-4cg7:
Cryo-EM of the Sec61-complex bound to the idle 80S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.9 Å

2511

4cg5

EMDB-2511: Cryo-EM of the Sec61-complex bound to an 80S-RNC engaged with a translocating LepT chain
PDB-4cg5: Cryo-EM of the Sec61-complex bound to the 80S ribosome translating a secretory substrate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.4 Å

2512

4cg6

EMDB-2512: Cryo-EM of the Sec61-complex bound to an 80S-RNC engaged with an membrane-inserting LepM chain
PDB-4cg6: Cryo-em of the Sec61-complex bound to the 80s ribosome translating a membrane-inserting substrate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.8 Å

PDB-4v7e:
Model of the small subunit RNA based on a 5.5 A cryo-EM map of Triticum aestivum translating 80S ribosome
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 5.5 Å

由来
  • triticum aestivum (コムギ)
  • canis lupus familiaris (イヌ)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / RIBOSOME / CO-TRANSLATIONAL PROTEIN TRANSLOCATION / eukaryotic ribosome / homology modeling / de novo modeling / ribosomal RNA / rRNA / RNA expansion segments

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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