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Structure paper

タイトルStructure of an endogenous yeast 26S proteasome reveals two major conformational states.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 113, Issue 10, Page 2642-2647, Year 2016
掲載日2016年3月8日
著者Bai Luan / Xiuliang Huang / Jianping Wu / Ziqing Mei / Yiwei Wang / Xiaobin Xue / Chuangye Yan / Jiawei Wang / Daniel J Finley / Yigong Shi / Feng Wang /
PubMed 要旨The eukaryotic proteasome mediates degradation of polyubiquitinated proteins. Here we report the single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of the endogenous 26S proteasome from ...The eukaryotic proteasome mediates degradation of polyubiquitinated proteins. Here we report the single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of the endogenous 26S proteasome from Saccharomyces cerevisiae at 4.6- to 6.3-Å resolution. The fine features of the cryo-EM maps allow modeling of 18 subunits in the regulatory particle and 28 in the core particle. The proteasome exhibits two distinct conformational states, designated M1 and M2, which correspond to those reported previously for the proteasome purified in the presence of ATP-γS and ATP, respectively. These conformations also correspond to those of the proteasome in the presence and absence of exogenous substrate. Structure-guided biochemical analysis reveals enhanced deubiquitylating enzyme activity of Rpn11 upon assembly of the lid. Our structures serve as a molecular basis for mechanistic understanding of proteasome function.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:26929360 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.6 - 8.7 Å
構造データ

EMDB-6574: Cryo-EM map of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset
PDB-3jco: Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

EMDB-6575: Cryo-EM map of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset
PDB-3jcp: Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-6576:
Cryo-EM map of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Arctica dataset
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.8 Å

EMDB-6577:
Cryo-EM map of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Arctica dataset
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.3 Å

EMDB-6578:
Cryo-EM map of yeast 26S proteasome in M1 state with RP mask derived from Arctica dataset
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.3 Å

EMDB-6579:
Cryo-EM map of yeast 26S proteasome in M2 state with RP mask derived from Arctica dataset
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.7 Å

由来
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
キーワードHYDROLASE / protein complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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