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タイトルCatching a virus in the act of RNA release: a novel poliovirus uncoating intermediate characterized by cryo-electron microscopy.
ジャーナル・号・ページJ Virol, Vol. 84, Issue 9, Page 4426-4441, Year 2010
掲載日2010年2月24日
著者Hazel C Levy / Mihnea Bostina / David J Filman / James M Hogle /
PubMed 要旨Poliovirus infection requires that the particle undergo a series of conformational transitions that lead to cell entry and genome release. In an effort to understand the conformational changes ...Poliovirus infection requires that the particle undergo a series of conformational transitions that lead to cell entry and genome release. In an effort to understand the conformational changes associated with the release of the RNA genome, we have used cryo-electron microscopy to characterize the structure of the 80S "empty" particles of poliovirus that are thought to represent the final product of the cell entry pathway. Using two-dimensional classification methods, we show that preparations of 80S particles contain at least two structures, which might represent snapshots from a continuous series of conformers. Using three-dimensional reconstruction methods, we have solved the structure of two distinct forms at subnanometric resolution, and we have built and refined pseudoatomic models into the reconstructions. The reconstructions and the derived models demonstrate that the two structural forms are both slightly expanded, resulting in partial disruption of interprotomer interfaces near their particle 2-fold axes, which may represent the site where RNA is released. The models demonstrate that each of the two 80S structures has undergone a unique set of movements of the capsid proteins, associated with rearrangement of flexible loops and amino-terminal extensions that participate in contacts between protomers, between pentamers, and with the viral RNA.
リンクJ Virol / PubMed:20181687 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度10.0 Å
構造データ

EMDB-5122: RNA-releasing poliovirus intermediates
PDB-3iyc: Poliovirus late RNA-release intermediate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-5123: RNA-releasing poliovirus intermediates
PDB-3iyb: Poliovirus early RNA-release intermediate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

由来
  • human poliovirus 1 mahoney (ポリオウイルス)
  • poliovirus type 3 (strains p3/leon/37 and p3/leon 12a[1]b) (ポリオウイルス)
  • human poliovirus 1 (ポリオウイルス)
  • poliovirus 1 (ポリオウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / Picornavirus / poliovirus / intermediate / RNA release / 80S / ATP-binding / Capsid protein / Covalent protein-RNA linkage / Cytoplasmic vesicle / Helicase / Host-virus interaction / Hydrolase / Lipoprotein / Membrane / Myristate / Nucleotide-binding / Nucleotidyltransferase / Phosphoprotein / Protease / RNA replication / RNA-binding / RNA-directed RNA polymerase / Thiol protease / Transferase / Virion

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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