[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルHigh-resolution cryo-EM maps show the nucleotide binding pocket of KIF1A in open and closed conformations.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 25, Issue 18, Page 4187-4194, Year 2006
掲載日2006年9月20日
著者Masahide Kikkawa / Nobutaka Hirokawa /
PubMed 要旨Kinesin is an ATP-driven microtubule (MT)-based motor fundamental to organelle transport. Although a number of kinesin crystal structures have been solved, the structural evidence for coupling ...Kinesin is an ATP-driven microtubule (MT)-based motor fundamental to organelle transport. Although a number of kinesin crystal structures have been solved, the structural evidence for coupling between the bound nucleotide and the conformation of kinesin is elusive. In addition, the structural basis of the MT-induced ATPase activity of kinesin is not clear because of the absence of the MT in the structure. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the monomeric kinesin KIF1A-MT complex in two nucleotide states at about 10 A resolution, sufficient to reveal the secondary structure. These high-resolution maps visualized clear structural changes that suggest a mechanical pathway from the nucleotide to the neck linker via the motor core rotation. In addition, new nucleotide binding pocket conformations are observed that are different from X-ray crystallographic structures; it is closed in the 5'-adenylyl-imidodiphosphate state, but open in the ADP state. These results suggest a structural model of biased diffusion movement of monomeric kinesin motor.
リンクEMBO J / PubMed:16946706 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度10 - 11 Å
構造データ

PDB-2hxf:
KIF1A head-microtubule complex structure in amppnp-form
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 10.0 Å

PDB-2hxh:
KIF1A head-microtubule complex structure in adp-form
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 11.0 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-TA1:
TAXOL / パクリタキセル / 薬剤, 化学療法薬*YM

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • sus scrofa (ブタ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / microtubule-based motor

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る