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タイトルRequirements for specific binding of low affinity inhibitor fragments to the SH2 domain of (pp60)Src are identical to those for high affinity binding of full length inhibitors.
ジャーナル・号・ページJ. Med. Chem., Vol. 46, Page 5184-5195, Year 2003
掲載日2003年6月15日 (構造データの登録日)
著者Lange, G. / Lesuisse, D. / Deprez, P. / Schoot, B. / Loenze, P. / Benard, D. / Marquette, J.P. / Broto, P. / Sarubbi, E. / Mandine, E.
リンクJ. Med. Chem. / PubMed:14613321
手法X線回折
解像度1.5 - 2.25 Å
構造データ

PDB-1o41:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU78300.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-1o42:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU81843.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-1o43:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU82129.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-1o44:
Crystal structure of sh2 in complex with ru85052
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-1o45:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU84687.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-1o46:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU90395.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-1o47:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU82209.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-1o48:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU85053.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-1o49:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU85493.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-1o4a:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU82197.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-1o4b:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU83876.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-1o4c:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH PHOSPHATE.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-1o4d:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU78262.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-1o4e:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU78299.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-1o4f:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU79073.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-1o4g:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH DPI59.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-1o4h:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU79072.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.25 Å

PDB-1o4i:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH PAS219.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-1o4j:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH ISO24.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-1o4k:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH PASBN.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.57 Å

PDB-1o4l:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH FRAGMENT2.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-1o4m:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH MALONICACID.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-1o4n:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH OXALIC ACID.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-1o4o:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH PHENYLPHOSPHATE.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-1o4p:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU78791.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-1o4q:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU79256.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-1o4r:
CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU78783.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

化合物

ChemComp-300:
2-FORMYL-6-METHOXYPHENYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / りん酸2-ホルミル-6-メトキシフェニル

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-843:
N-ACETYL-N-[1-(1,1'-BIPHENYL-4-YLMETHYL)-2-OXOAZEPAN-3-YL]-O-PHOSPHONOTYROSINAMIDE / N-[(3S)-1-(4-ビフェニリルメチル)-2-オキソヘキサヒドロ-1H-アゼピン-3β-イル]-Nα<(以下略)

ChemComp-821:
[4-((1Z)-2-(ACETYLAMINO)-3-{[1-(1,1'-BIPHENYL-4-YLMETHYL)-2-OXOAZEPAN-3-YL]AMINO}-3-OXOPROP-1-ENYL)-2-FORMYLPHENYL]ACET

ChemComp-852:
2-{4-[2-ACETYLAMINO-2-(1-BIPHENYL-4-YLMETHYL-2-OXO-AZEPAN-3-YLCARBAMOYL)-ETHYL]-2-CARBOXY-PHENYL}-MALONIC ACID

ChemComp-687:
N-ACETYL-N-[1-(1,1'-BIPHENYL-4-YLMETHYL)-2-OXOAZEPAN-3-YL]-3-FORMYL-O-PHOSPHONOTYROSINAMIDE

ChemComp-903:
2-{4-[2-ACETYLAMINO-2-(1-BIPHENYL-4-YLMETHYL-2-OXO-AZEPAN-3-YLCARBAMOYL)-ETHYL]-2-METHOXYCARBONYL-PHENYL}-2-FLUORO-MALONIC ACID

ChemComp-822:
N-ACETYL-N-[1-(1,1'-BIPHENYL-4-YLMETHYL)-2-OXOAZEPAN-3-YL]-4-[DIFLUORO(PHOSPHONO)METHYL]PHENYLALANINAMIDE

ChemComp-853:
5-[2-ACETYLAMINO-2-(1-BIPHENYL-4-YLMETHYL-2-OXO-AZEPAN-3-YLCARBAMOYL)-ETHYL]-2-CARBOXYMETHYL-BENZOIC ACID

ChemComp-493:
{4-[2-ACETYLAMINO-2-(1-BIPHENYL-4-YLMETHYL-2-OXO-AZEPAN-3-YLCARBAMOYL)-ETHYL]-2-PHOSPHONO-PHENOXY}-ACETIC ACID

ChemComp-197:
4-[2-ACETYLAMINO-2-(1-BIPHENYL-4-YLMETHYL-2-OXO-AZEPAN-3-YLCARBAMOYL)-ETHYL]-2-FORMYL-BENZOIC ACID

ChemComp-876:
N-ACETYL-N-[1-(1,1'-BIPHENYL-4-YLMETHYL)-2-OXOAZEPAN-3-YL]-3,4-DIPHOSPHONOPHENYLALANINAMIDE

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-262:
2-FORMYLPHENYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / りん酸2-ホルミルフェニル

ChemComp-299:
2,6-DIFORMYL-4-METHYLPHENYL DIHYDROGEN PHOSPHATE

ChemComp-790:
1,2,3,4-TETRAHYDROQUINOLIN-8-YL DIHYDROGEN PHOSPHATE / りん酸1,2,3,4-テトラヒドロキノリン-8-イル

ChemComp-I59:
HYDROXY(1-NAPHTHYL)METHYLPHOSPHONIC ACID

ChemComp-772:
2-CYANOQUINOLIN-8-YL DIHYDROGEN PHOSPHATE / りん酸2-シアノ-8-キノリニル

ChemComp-219:
cyclohexylmethyl 2-formylphenyl hydrogen (S)-phosphate / りん酸(シクロヘキシルメチル)2-ホルミルフェニル

ChemComp-IS2:
[(4-ETHYLPHENYL)AMINO]CARBONYLPHOSPHONIC ACID / 4-エチルフェニルカルバモイルホスホン酸

ChemComp-PSN:
BENZYL 2-FORMYLPHENYL HYDROGEN PHOSPHATE

ChemComp-CIT:
CITRIC ACID / クエン酸

ChemComp-MLA:
MALONIC ACID / マロン酸

ChemComp-OXD:
OXALIC ACID / シュウ酸

ChemComp-HPS:
PHENYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / りん酸フェニル

ChemComp-791:
2-PHENYLMALONIC ACID / フェニルマロン酸

ChemComp-256:
PHENYL(SULFO)ACETIC ACID / (αR)-α-カルボキシベンゼンメタンスルホン酸

ChemComp-787:
(PHENYL-PHOSPHONO-METHYL)-PHOSPHONIC ACID / フェニルメチレンビスホスホン酸

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH2 DOMAIN FRAGMENT APPROACH

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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