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タイトルMolecular Architecture of Contactin-associated Protein-like 2 (CNTNAP2) and Its Interaction with Contactin 2 (CNTN2).
ジャーナル・号・ページJ Biol Chem, Vol. 291, Issue 46, Page 24133-24147, Year 2016
掲載日2016年11月11日
著者Zhuoyang Lu / M V V V Sekhar Reddy / Jianfang Liu / Ana Kalichava / Jiankang Liu / Lei Zhang / Fang Chen / Yun Wang / Luis Marcelo F Holthauzen / Mark A White / Suchithra Seshadrinathan / Xiaoying Zhong / Gang Ren / Gabby Rudenko /
PubMed 要旨Contactin-associated protein-like 2 (CNTNAP2) is a large multidomain neuronal adhesion molecule implicated in a number of neurological disorders, including epilepsy, schizophrenia, autism spectrum ...Contactin-associated protein-like 2 (CNTNAP2) is a large multidomain neuronal adhesion molecule implicated in a number of neurological disorders, including epilepsy, schizophrenia, autism spectrum disorder, intellectual disability, and language delay. We reveal here by electron microscopy that the architecture of CNTNAP2 is composed of a large, medium, and small lobe that flex with respect to each other. Using epitope labeling and fragments, we assign the F58C, L1, and L2 domains to the large lobe, the FBG and L3 domains to the middle lobe, and the L4 domain to the small lobe of the CNTNAP2 molecular envelope. Our data reveal that CNTNAP2 has a very different architecture compared with neurexin 1α, a fellow member of the neurexin superfamily and a prototype, suggesting that CNTNAP2 uses a different strategy to integrate into the synaptic protein network. We show that the ectodomains of CNTNAP2 and contactin 2 (CNTN2) bind directly and specifically, with low nanomolar affinity. We show further that mutations in CNTNAP2 implicated in autism spectrum disorder are not segregated but are distributed over the whole ectodomain. The molecular shape and dimensions of CNTNAP2 place constraints on how CNTNAP2 integrates in the cleft of axo-glial and neuronal contact sites and how it functions as an organizing and adhesive molecule.
リンクJ Biol Chem / PubMed:27621318 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー) / EM (単粒子)
解像度12.0 - 20.0 Å
構造データ

EMDB-6717:
Contactin-2 reconstructed by Individual-Particle Electron Tomography
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-9543:
IPET 3D reconstruction of an single CNTNAP2-antibody complex: conformation #1
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 16.3 Å

EMDB-9544:
IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2-antibody complex: conformation #2
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 16.3 Å

EMDB-9545:
Single particle reconstruction of CNTNAP2: conformation #7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.6 Å

EMDB-9546:
Single particle reconstruction of CNTNAP2: conformation #8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.7 Å

EMDB-9547:
IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2 - 1.8 nm nanogold complex
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 14.6 Å

EMDB-9548:
IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2 - 5 nm nanogold complex
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 12.0 Å

EMDB-9549:
IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2-C2 domain
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-9550:
Single particle reconstruction of CNTNAP2: conformation #6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-9551:
Single particle reconstruction of CNTNAP2: conformation #5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.4 Å

EMDB-9552:
Single particle reconstruction of CNTNAP2: conformation #4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 13.7 Å

EMDB-9553:
Single particle reconstruction of CNTNAP2: conformation #3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.9 Å

EMDB-9554:
Single particle reconstruction of CNTNAP2: conformation #2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.7 Å

EMDB-9555:
Single particle reconstruction of CNTNAP2: conformation #1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.3 Å

EMDB-9556:
IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2: conformation #8
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 16.9 Å

EMDB-9557:
IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2: conformation #7
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-9558:
IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2: conformation #6
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 15.6 Å

EMDB-9559:
IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2: conformation #5
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 16.0 Å

EMDB-9560:
IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2: conformation #4
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 16.5 Å

EMDB-9561:
IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2: conformation #3
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 17.5 Å

EMDB-9562:
IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2: conformation #2
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 18.9 Å

EMDB-9563:
IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2: conformation #1
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 16.3 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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