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タイトルSingle-molecule 3D imaging of human plasma intermediate-density lipoproteins reveals a polyhedral structure.
ジャーナル・号・ページBiochim Biophys Acta Mol Cell Biol Lipids, Vol. 1864, Issue 3, Page 260-270, Year 2019
掲載日2018年12月14日
著者Dongsheng Lei / Yadong Yu / Yu-Lin Kuang / Jianfang Liu / Ronald M Krauss / Gang Ren /
PubMed 要旨Intermediate-density lipoproteins (IDLs), the remnants of very-low-density lipoproteins via lipolysis, are rich in cholesteryl ester and are associated with cardiovascular disease. Despite ...Intermediate-density lipoproteins (IDLs), the remnants of very-low-density lipoproteins via lipolysis, are rich in cholesteryl ester and are associated with cardiovascular disease. Despite pharmacological interest in IDLs, their three-dimensional (3D) structure is still undetermined due to their variation in size, composition, and dynamic structure. To explore the 3D structure of IDLs, we reconstructed 3D density maps from individual IDL particles using cryo-electron microscopy (cryo-EM) and individual-particle electron tomography (IPET, without averaging from different molecules). 3D reconstructions of IDLs revealed an unexpected polyhedral structure that deviates from the generally assumed spherical shape model (Frias et al., 2007; Olson, 1998; Shen et al., 1977). The polyhedral-shaped IDL contains a high-density shell formed by flat surfaces that are similar to those of very-low-density lipoproteins but have sharper dihedral angles between nearby surfaces. These flat surfaces would be less hydrophobic than the curved surface of mature spherical high-density lipoprotein (HDL), leading to a lower binding affinity of IDL to hydrophobic proteins (such as cholesteryl ester transfer protein) than HDL. This is the first visualization of the IDL 3D structure, which could provide fundamental clues for delineating the role of IDL in lipid metabolism and cardiovascular disease.
リンクBiochim Biophys Acta Mol Cell Biol Lipids / PubMed:30557627 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー)
解像度56.5 - 100.1 Å
構造データ

EMDB-9069:
Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein (No. 01)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 96.7 Å

EMDB-9070:
Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein (No. 02)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 96.1 Å

EMDB-9071:
Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein (No. 03)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 82.7 Å

EMDB-9072:
Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein (No. 04)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 85.8 Å

EMDB-9073:
Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein (No. 05)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 82.9 Å

EMDB-9074:
Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein (No. 06)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 86.0 Å

EMDB-9075:
Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein (No. 07)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 62.7 Å

EMDB-9076:
Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein (No. 08)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 93.9 Å

EMDB-9077:
Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein (No. 09)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 82.9 Å

EMDB-9078:
Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein (No. 10)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 81.7 Å

EMDB-9079:
Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein (No. 11)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 68.8 Å

EMDB-9080:
Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein (No. 12)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 100.1 Å

EMDB-9081:
Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein (No. 13)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 66.9 Å

EMDB-9082:
Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein (No. 14)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 75.8 Å

EMDB-9083:
Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein (No. 15)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 93.3 Å

EMDB-9084:
Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein (No. 16)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 71.9 Å

EMDB-9085:
Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein in Complex with Monoclonal Antibody MAB012 (No. 01)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 66.9 Å

EMDB-9086:
Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein in Complex with Monoclonal Antibody MAB012 (No. 02)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 61.5 Å

EMDB-9087:
Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein in Complex with Monoclonal Antibody MAB012 (No. 03)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 58.2 Å

EMDB-9088:
Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein in Complex with Monoclonal Antibody MAB012 (No. 04)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 59.7 Å

EMDB-9089:
Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein in Complex with Monoclonal Antibody MAB012 (No. 05)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 59.9 Å

EMDB-9090:
Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein in Complex with Monoclonal Antibody MAB012 (No. 06)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 58.1 Å

EMDB-9091:
Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein in Complex with Monoclonal Antibody MAB012 (No. 07)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 58.5 Å

EMDB-9092:
Single-Molecule 3D Image of Two Human Plasma Intermediate-Density Lipoproteins in Complex with One Monoclonal Antibody MAB012 (No. 01)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 60.6 Å

EMDB-9093:
Single-Molecule 3D Image of Two Human Plasma Intermediate-Density Lipoproteins in Complex with One Monoclonal Antibody MAB012 (No. 02)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 58.2 Å

EMDB-9094:
Single-Molecule 3D Image of Two Human Plasma Intermediate-Density Lipoproteins in Complex with One Monoclonal Antibody MAB012 (No. 03)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 68.6 Å

EMDB-9095:
Single-Molecule 3D Image of Monoclonal Antibody MAB012 (No. 01)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 59.9 Å

EMDB-9096:
Single-Molecule 3D Image of Monoclonal Antibody MAB012 (No. 02)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 56.5 Å

EMDB-9097:
Single-Molecule 3D Image of Monoclonal Antibody MAB012 (No. 03)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 58.4 Å

EMDB-9098:
Single-Molecule 3D Image of Monoclonal Antibody MAB012 (No. 04)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 61.0 Å

EMDB-9099:
Single-Molecule 3D Image of Monoclonal Antibody MAB012 (No. 05)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 58.1 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • Mus musculus (ハツカネズミ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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