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タイトルStructures of an RNA polymerase promoter melting intermediate elucidate DNA unwinding.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 565, Issue 7739, Page 382-385, Year 2019
掲載日2019年1月9日
著者Hande Boyaci / James Chen / Rolf Jansen / Seth A Darst / Elizabeth A Campbell /
PubMed 要旨A key regulated step of transcription is promoter melting by RNA polymerase (RNAP) to form the open promoter complex. To generate the open complex, the conserved catalytic core of the RNAP combines ...A key regulated step of transcription is promoter melting by RNA polymerase (RNAP) to form the open promoter complex. To generate the open complex, the conserved catalytic core of the RNAP combines with initiation factors to locate promoter DNA, unwind 12-14 base pairs of the DNA duplex and load the template-strand DNA into the RNAP active site. Formation of the open complex is a multi-step process during which transient intermediates of unknown structure are formed. Here we present cryo-electron microscopy structures of bacterial RNAP-promoter DNA complexes, including structures of partially melted intermediates. The structures show that late steps of promoter melting occur within the RNAP cleft, delineate key roles for fork-loop 2 and switch 2-universal structural features of RNAP-in restricting access of DNA to the RNAP active site, and explain why clamp opening is required to allow entry of single-stranded template DNA into the active site. The key roles of fork-loop 2 and switch 2 suggest a common mechanism for late steps in promoter DNA opening to enable gene expression across all domains of life.
リンクNature / PubMed:30626968 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.55 - 4.4 Å
構造データ

9037

6edt

EMDB-9037, PDB-6edt:
Mycobacterium tuberculosis RNAP open promoter complex with RbpA/CarD and AP3 promoter
手法: EM (単粒子)

9039

6ee8

EMDB-9039, PDB-6ee8:
Mycobacterium tuberculosis RNAP promoter unwinding intermediate complex with RbpA/CarD and AP3 promoter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.92 Å

9041

6eec

EMDB-9041, PDB-6eec:
Mycobacterium tuberculosis RNAP promoter unwinding intermediate complex with RbpA/CarD and AP3 promoter captured by Corallopyronin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.55 Å

9047

6m7j

EMDB-9047, PDB-6m7j:
Mycobacterium tuberculosis RNAP with RbpA/us fork and Corallopyronin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-C0L:
methyl

由来
  • mycobacterium tuberculosis (結核菌)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / initiation / transcription bubble / closed clamp / open promoter complex / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex / half bubble / intermediate

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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