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Structure paper

タイトルStructural dynamics of bacteriophage P22 infection initiation revealed by cryo-electron tomography.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 4, Issue 6, Page 1049-1056, Year 2019
掲載日2019年3月18日
著者Chunyan Wang / Jiagang Tu / Jun Liu / Ian J Molineux /
PubMed 要旨For successful infection, bacteriophages must overcome multiple barriers to transport their genome and proteins across the bacterial cell envelope. We use cryo-electron tomography to study the ...For successful infection, bacteriophages must overcome multiple barriers to transport their genome and proteins across the bacterial cell envelope. We use cryo-electron tomography to study the infection initiation of phage P22 in Salmonella enterica serovar Typhimurium, revealing how a channel forms to allow genome translocation into the cytoplasm. Our results show free phages that initially attach obliquely to the cell through interactions between the O antigen and two of the six tailspikes; the tail needle also abuts the cell surface. The virion then orients perpendicularly and the needle penetrates the outer membrane. The needle is released and the internal head protein gp7* is ejected and assembles into an extracellular channel that extends from the gp10 baseplate to the cell surface. A second protein, gp20, is ejected and assembles into a structure that extends the extracellular channel across the outer membrane into the periplasm. Insertion of the third ejected protein, gp16, into the cytoplasmic membrane probably completes the overall trans-envelope channel into the cytoplasm. Construction of a trans-envelope channel is an essential step during infection of Gram-negative bacteria by all short-tailed phages, because such virions cannot directly deliver their genome into the cell cytoplasm.
リンクNat Microbiol / PubMed:30886360 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度26.0 - 29.0 Å
構造データ

EMDB-9006:
Trans-envelope channel formed during initial infection of bacteriophage P22 in Salmonella
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 28.0 Å

EMDB-9007:
Channel structure formed by Gp16 defective mutant of bacteriophage P22 in Salmonella using cryoelectron tomography
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 29.0 Å

EMDB-9008:
Channel structure formed by Gp20-defective mutant of bacteriophage P22 in Salmonella using cryoelectron tomography
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-9009:
Channel structure formed by Gp7-defective mutant of bacteriophage P22 in Salmonella using cryoelectron tomography
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 28.0 Å

EMDB-9010:
Structure of bacteriophage P22 with trans-envelope channel in the Salmonella cell wall
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 29.0 Å

由来
  • Enterobacteria phage P22 (ファージ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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