[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルCryo-EM shows stages of initial codon selection on the ribosome by aa-tRNA in ternary complex with GTP and the GTPase-deficient EF-TuH84A.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 46, Issue 11, Page 5861-5874, Year 2018
掲載日2018年6月20日
著者Marcus Fislage / Jingji Zhang / Zuben Patrick Brown / Chandra Sekhar Mandava / Suparna Sanyal / Måns Ehrenberg / Joachim Frank /
PubMed 要旨The GTPase EF-Tu in ternary complex with GTP and aminoacyl-tRNA (aa-tRNA) promotes rapid and accurate delivery of cognate aa-tRNAs to the ribosomal A site. Here we used cryo-EM to study the molecular ...The GTPase EF-Tu in ternary complex with GTP and aminoacyl-tRNA (aa-tRNA) promotes rapid and accurate delivery of cognate aa-tRNAs to the ribosomal A site. Here we used cryo-EM to study the molecular origins of the accuracy of ribosome-aided recognition of a cognate ternary complex and the accuracy-amplifying role of the monitoring bases A1492, A1493 and G530 of the 16S rRNA. We used the GTPase-deficient EF-Tu variant H84A with native GTP, rather than non-cleavable GTP analogues, to trap a near-cognate ternary complex in high-resolution ribosomal complexes of varying codon-recognition accuracy. We found that ribosome complexes trapped by GTPase-deficicent ternary complex due to the presence of EF-TuH84A or non-cleavable GTP analogues have very similar structures. We further discuss speed and accuracy of initial aa-tRNA selection in terms of conformational changes of aa-tRNA and stepwise activation of the monitoring bases at the decoding center of the ribosome.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:29733411 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.6 Å
構造データ

8813

5wdt

EMDB-8813, PDB-5wdt:
70S ribosome-EF-Tu H84A complex with GppNHp
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

8814

5we4

EMDB-8814: 70S ribosome-EF-Tu H84A complex with GppNHp
PDB-5we4: 70S ribosome-EF-Tu wt complex with GppNHp
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

8815

5we6

EMDB-8815, PDB-5we6:
70S ribosome-EF-Tu H84A complex with GTP and cognate tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

8826

5wf0

EMDB-8826, PDB-5wf0:
70S ribosome-EF-Tu H84A complex with GTP and near-cognate tRNA (Complex C2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

8828

5wfk

EMDB-8828, PDB-5wfk:
70S ribosome-EF-Tu H84A complex with GTP and near-cognate tRNA (Complex C3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

8829

5wfs

EMDB-8829: 70S ribosome-EF-Tu H84A complex with GTP and near-cognate tRNA (Complex III)
PDB-5wfs: 70S ribosome-EF-Tu H84A complex with GTP and near-cognate tRNA (Complex C4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-FME:
N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン / N-ホルミルメチオニン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-PHE:
PHENYLALANINE / フェニルアラニン / フェニルアラニン

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM / 5'-Guanylyl imidodiphosphate

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli o139:h28 (strain e24377a / etec) (大腸菌)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / translation (翻訳 (生物学)) / GTPase (GTPアーゼ)

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る