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タイトルStructural energetics of cold sensitivity.
ジャーナル・号・ページNature, Year 2026
掲載日2026年3月25日
著者Kevin Y Choi / Xiaoxuan Lin / Yifan Cheng / David Julius /
PubMed 要旨Thermosensitive transient receptor potential (TRP) ion channels enable somatosensory nerve fibres to detect changes in our thermal environment over a wide physiologic range. In mammals, the menthol ...Thermosensitive transient receptor potential (TRP) ion channels enable somatosensory nerve fibres to detect changes in our thermal environment over a wide physiologic range. In mammals, the menthol receptor, TRPM8, is activated by temperatures below approximately 26 °C and is essential for the perception of cold or chemical cooling agents. A fascinating, yet still unachieved goal is to elucidate mechanisms, both structural and thermodynamic, whereby TRPM8 or other thermosensitive channels are gated by changes in ambient temperature. Recent studies using cryogenic electron microscopy have attempted to address this challenging question but are limited by difficulties in visualizing temperature-evoked conformational sub-states or assessing the energetic landscape governing gating transitions. Here we close this gap by combining cryogenic electron microscopy with hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry to elucidate a mechanism for cold-evoked activation of TRPM8. First, we visualize TRPM8 channels in cellular membranes, where bona fide menthol- and cold-evoked open states are captured. We also identify a new 'semi-swapped' architecture in which interdigitation of channel sub-units is rearranged substantially following repositioning of the S6 transmembrane helix and elements of the pore region. We then use hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry to pinpoint the pore and TRP helices as the regions exhibiting the greatest stimulus-evoked energetic changes that drive channel gating. Specifically, cold-evoked stabilization of the outer pore region repositions the pore lining S6 transmembrane helix while enabling binding of a regulatory lipid to stabilize the open channel. Structural mechanisms associated with activation are validated by comparison of human TRPM8 with the menthol-sensitive but relatively cold-insensitive avian orthologue. We propose a free energy landscape and conformational pathway whereby cold or cooling agents activate this thermosensory receptor.
リンクNature / PubMed:41882351
手法EM (単粒子)
解像度2.86 - 4.44 Å
構造データ

EMDB-71352, PDB-9p7s:
Avian TRPM8 (Parus major) closed, ligand-free structure resolved in cell vesicles using cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-71391, PDB-9p8y:
Human TRPM8 closed, ligand-free structure resolved in GDN using cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-71394, PDB-9p90:
Avian TRPM8 (Parus major) desensitized, fully-swapped, ligand-free structure resolved in cell vesicles using cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-71395, PDB-9p91:
Avian TRPM8 (Parus major) semi-swapped, ligand-free structure resolved in cell vesicles using cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-71444, PDB-9par:
Avian TRPM8 (Parus major) semi-swapped, ligand-free structure at high pH and 4 degrees Celsius resolved in GDN using cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-71454, PDB-9pb5:
Human TRPM8 menthol bound structure at 4 degrees Celsius resolved in cell vesicles using cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-71455, PDB-9pb6:
Avian TRPM8 (Parus major) menthol bound structure resolved in cell vesicles using cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-74036, PDB-9zcn:
Avian TRPM8 (Parus major) fully-swapped, closed, ligand-free in the presence of calcium, structure resolved in cell vesicles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-74037, PDB-9zco:
Avian TRPM8 (Parus major) semi-swapped, closed, ligand-free in the presence of calcium, structure resolved in cell vesicles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.45 Å

EMDB-74038, PDB-9zcp:
Avian TRPM8 (Parus major) fully swapped closed, calcium free, in the presence of menthol, resolved in cell vesicles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.55 Å

EMDB-74039, PDB-9zcq:
Avian TRPM8 (Parus major) semi-swapped, closed, calcium free, menthol bound structure resolved in cell vesicles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.57 Å

EMDB-74040, PDB-9zcr:
Parus major TRPM8 with a chimeric human outer pore loops, semi-swapped, ligand-free, cold, structure resolved in GDN
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

EMDB-74041, PDB-9zcu:
Human TRPM8 V915Y fully-swapped, closed, ligand-free structure resolved in GDN
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

EMDB-74042, PDB-9zcv:
Human TRPM8 fully-swapped, desensitized, ligand-free structure at 4 degrees Celsius resolved in cell vesicles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.65 Å

EMDB-74123, PDB-9zez:
Avian TRPM8 (Parus major) semi-swapped, calcium free, menthol bound structure resolved in cell vesicles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.41 Å

EMDB-74124, PDB-9zf0:
Human TRPM8 fully-swapped, ligand-free structure in the absence of calcium at 4 degrees Celsius resolved in cell vesicles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.71 Å

EMDB-74125: Parus major TRPM8, fully-swapped state determined in the presence of menthol
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-74126: Avian TRPM8 (Parus major) "undetermined" class 1 resolved in cell vesicles using cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.85 Å

EMDB-74127: Avian TRPM8 (Parus major) "undetermined" class 2 resolved in cell vesicles using cryo-EM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

EMDB-74128: Human TRPM8 V915Y semi-swapped structure, cold in the presence of calcium, determined using GDN
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.99 Å

EMDB-74129: Human TRPM8 (wild-type) semi-swapped structure, calcium-free, 4 degress Celsius, determined using cell vesicles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.44 Å

化合物

ChemComp-PT5:
[(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho / リン脂質*YM


化合物 画像なし

ChemComp-XUQ:
Unknown entry

ChemComp-CA:
Unknown entry

由来
  • parus major (シジュウカラ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRPM8 / transient receptor potential melastatin 8 / Parus major / Human / menthol / TRANSPORT PROTEIN

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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