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タイトルStructural insights into the activation of the chicken ROS1 receptor by the NEL/NICOL ligand complex.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Year 2026
掲載日2026年2月24日
著者Weidong An / Xuewu Zhang / Xiao-Chen Bai /
PubMed 要旨The receptor tyrosine kinase ROS1 plays essential roles in cell growth and sperm maturation, yet its activation mechanism has remained poorly understood. Here, we report high-resolution cryo-electron ...The receptor tyrosine kinase ROS1 plays essential roles in cell growth and sperm maturation, yet its activation mechanism has remained poorly understood. Here, we report high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of chicken ROS1 in its ligand-free form, in complex with its ligand NEL, and with the ligand/co-ligand complex NEL/NICOL. Unliganded ROS1 adopts an arc-shaped conformation. The interaction between NEL and ROS1 is mediated by the VWC2 domain of NEL and the β1 domain of ROS1. Binding of NICOL to the coiled-coil domain of NEL stabilizes NEL into a batwing-shaped asymmetric dimer, which can recruit only one ROS1 molecule due to steric hindrance. Structural analyses and biochemical results suggest that the 2:1 NEL/NICOL complexes further oligomerize through LamG-VWC4 domain interactions, facilitating the clustering of multiple ROS1 for its activation. Functional assays confirm that both NICOL and the multimerization of NEL/NICOL complexes are required for robust ROS1 signaling. Our findings establish NICOL as a critical co-ligand for ROS1 and suggest a distinct ligand-driven oligomerization mechanism for ROS1 activation.
リンクNat Commun / PubMed:41735298 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 4.2 Å
構造データ

EMDB-71042, PDB-9oyz:
Cryo-EM structure of chicken ROS1 in apo-state. Cryo-EM refinement is focused on the "head" region of chicken ROS1.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-71047, PDB-9oz1:
Cryo-EM structure of chicken ROS1 in apo-state. Cryo-EM refinement is focused on the "leg" region of chicken ROS1.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-71049, PDB-9oz6:
Cryo-EM structure of 1:1 chicken ROS1 and chicken NEL complex.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-71051, PDB-9oz8:
Cryo-EM structure of chicken NEL dimer bound with one human NICOL.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-71057, PDB-9ozc:
Cryo-EM structure of 1:2:1 ROS1/NEL/NICOL holo-complex, conformation 1.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-71058, PDB-9ozh:
Cryo-EM structure of 1:2:1 ROS1/NEL/NICOL holo-complex, conformation 2.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-71059, PDB-9ozi:
Cryo-EM structure of chicken ROS1 in apo-state. This is the complete map and model.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

由来
  • gallus gallus (ニワトリ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / ROS1 / SIGNALING PROTEIN / NEL

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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