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タイトルA modification to heptad repeat 1 of gp41 improves yield and/or quality of soluble pre-fusion HIV-1 envelope glycoprotein trimers.
ジャーナル・号・ページJ Virol, Vol. 99, Issue 9, Page e0091325, Year 2025
掲載日2025年9月23日
著者Devidas N Chaturbhuj / Kwinten Sliepen / Albert Cupo / Benjamin Steinberg / Simon Kazimierczyk / Tarek Munawar / Kyle Kramer / Anila Yasmeen / Thales G Andrade / Wen-Hsin Lee / Lara van der Maas / Grace Gibson / Oscar Feliciano / Ivan Del Moral Sanchez / Edith Schermer / Rhianna Bronson / Alison Benner / Madhu Prabhakaran / Rosemarie Mason / P J Klasse / Andrew B Ward / Gabriel Ozorowski / Rogier W Sanders / John P Moore /
PubMed 要旨Native-like HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimers, exemplified by the SOSIP design, are widely used as immunogens, analytical antigens, and for structural studies. These vaccine research and ...Native-like HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimers, exemplified by the SOSIP design, are widely used as immunogens, analytical antigens, and for structural studies. These vaccine research and development programs require trimers that are based on multiple HIV-1 genotypes. While a wide range of protein engineering strategies can produce SOSIP trimers from most Env gene sequences, there are still examples of trimers that are expressed only at impractically low yields or that are unstable. Accordingly, additional protein modifications aimed at overcoming such limitations need to be evaluated. Here, we describe a new heptad repeat 1 modification of gp41, known as dPG, that helps to further stabilize the gp41 component of prototypic and germline-targeting SOSIP trimers in the pre-fusion state and thereby increases post-purification yields substantially. The dPG modification involves a deletion (d) at the highly conserved 566 position that disrupts the heptad repeat and introduces proline (P) and glycine (G) substitutions at positions 567 and 568, respectively. We show that the dPG strategy reinforces previously described stabilization changes in existing SOSIP trimers and can rescue otherwise problematic trimer constructs. The latter includes trimers used to target or analyze human germline antibodies and others derived from the global HIV-1 neutralization panel. In summary, the dPG modification strategy can increase the yield and/or quality of Env trimers that are otherwise difficult to produce.
IMPORTANCE: Stabilized, soluble, pre-fusion SOSIP trimers are widely used in HIV-1 Env vaccine research. Protein engineering techniques have identified multiple ways to stabilize SOSIP trimers from a range of genotypes. However, some SOSIP trimers remain difficult to express at adequate yields and/or purity, so there is a need for additional modifications. Here, we identified a sequence change, designated dPG, to the gp41 subunit that increases the yield and/or quality of various otherwise problematic SOSIP trimers without compromising their antigenicity or structure. This new modification may have general value for HIV-1 vaccine research and development.
リンクJ Virol / PubMed:40862550 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.2 Å
構造データ

70475

9ogt

EMDB-70475, PDB-9ogt:
HIV-1 Env BG505 SOSIP.664-His in complex with PGT122 and 3BNC117 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

70476

9ogu

EMDB-70476, PDB-9ogu:
HIV-1 Env BG505 SOSIP.664-dPG-His in complex with PGT122 and 3BNC117 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

由来
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune System / broadly neutralizing antibody / gp140 / vaccine design / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex / stabilizing mutations / protein design

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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