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タイトルVirus glycoprotein nanodisc platform for vaccine design.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2025
掲載日2025年6月16日
著者Kimmo Rantalainen / Alessia Liguori / Gabriel Ozorowski / Claudia Flynn / Jon M Steichen / Olivia Swanson / Patrick J Madden / Sabyasachi Baboo / Swastik Phulera / Anant Gharpure / Danny Lu / Oleksandr Kalyuzhniy / Patrick Skog / Sierra Terada / Monolina Shil / Jolene K Diedrich / Erik Georgeson / Ryan Tingle / Saman Eskandarzadeh / Wen-Hsin Lee / Nushin Alavi / Diana Goodwin / Michael Kubitz / Sonya Amirzehni / Sunny Himansu / Devin Sok / Jeong Hyun Lee / John R Yates / James C Paulson / Shane Crotty / Torben Schiffner / Andrew B Ward / William R Schief /
PubMed 要旨Transmembrane glycoproteins of enveloped viruses are the targets of neutralizing antibodies and essential vaccine antigens. mRNA-LNP technology allows in situ production of transmembrane ...Transmembrane glycoproteins of enveloped viruses are the targets of neutralizing antibodies and essential vaccine antigens. mRNA-LNP technology allows in situ production of transmembrane glycoproteins upon immunization, but biophysical characterization of transmembrane antigens and in vitro analysis of post-immunization antibody responses typically rely on soluble proteins. Here, we present a methodological platform for assembling transmembrane glycoprotein vaccine candidates into lipid nanodiscs. We demonstrate the utility of the nanodiscs in HIV membrane proximal external region (MPER)-targeting vaccine development by binding assays using surface plasmon resonance (SPR), ex vivo B cell sorting with fluorescence-activated cell sorting (FACS), and by determining the structure of a prototypical HIV MPER-targeting immunogen nanodisc in complex with three broadly neutralizing antibodies (bnAbs), including the MPER bnAb 10E8, to 3.5 Å by cryogenic electron microscopy (cryo-EM), providing a template for structure-based immunogen design for MPER. Overall, the platform offers a tool for accelerating the development of next-generation viral vaccines.
リンクbioRxiv / PubMed:40666859 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 4.3 Å
構造データ

70469

9ogl

EMDB-70469, PDB-9ogl:
BG505 MD39.3 SOSIP.664 in complex with 3BC315, BG18 and VRC01 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-70470: BG505 MD39.3 Env gp151 MPER nanodisc in complex with 10E8, BG18 and VRC01 Fabs (2x 10E8 Fabs)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

70471

9ogm

EMDB-70471, PDB-9ogm:
BG505 MD39.3 Env gp151 MPER nanodisc in complex with 10E8, BG18 and VRC01 Fabs (1x 10E8 Fab)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

由来
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune System / MPER / HIV-1 / gp41 / broadly neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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