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タイトルHeterogeneity of radial spoke components in Tetrahymena cilia.
ジャーナル・号・ページCell Mol Life Sci, Vol. 82, Issue 1, Page 329, Year 2025
掲載日2025年8月31日
著者Marta Bicka / Avrin Ghanaeian / Corbin Black / Ewa Joachimiak / Anna Osinka / Sumita Majhi / Anna Konopka / Ewa Bulska / Khanh Huy Bui / Dorota Wloga /
PubMed 要旨Radial spokes, RS1, RS2, and RS3, are T-shaped, multiprotein complexes that transmit regulatory signals from the central apparatus to outer doublet complexes, including dynein arms. Radial spokes, ...Radial spokes, RS1, RS2, and RS3, are T-shaped, multiprotein complexes that transmit regulatory signals from the central apparatus to outer doublet complexes, including dynein arms. Radial spokes, especially RS3, differ in their morphology, protein composition, and RS base-docked IDAs. Spokes' defects alter cilia beating frequency, waveform, and amplitude, leading, in humans, to primary ciliary dyskinesia and male infertility. The role of the particular spokes remains unclear. Ciliate Tetrahymena thermophila has three RSP3 paralogs and two or three paralogs of some other RSPs. Using multiple complementary approaches, we demonstrated that Tetrahymena forms RS1 and RS2 subtypes, each with a core composed of various RSP3 paralogs and one type of RSP3-less RS3. We elucidated proteomes of RS1 and RS2 subtypes, RS3, and identified novel RS proteins, including enzymatic proteins involved in local regulation of ADP/ATP levels, the guanylate nucleotide pathway, and protein phosphorylation, whose presence further diversifies RSs' properties and likely functions.
リンクCell Mol Life Sci / PubMed:40886204 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度17.16 - 33.13 Å
構造データ

EMDB-70169: Subtomogram Averaged Cryo-ET Structure of the 96-nm Axonemal Repeat in RSP3A-KO Tetrahymena thermophila
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 22.26 Å

EMDB-70171: Subtomogram Averaged Cryo-ET Structure of the 96-nm Axonemal Repeat in RSP3C-KO Tetrahymena thermophila
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 17.16 Å

EMDB-70172: Subtomogram Averaged Cryo-ET Structure of the 96-nm Axonemal Repeat in RSP3A-HA-BCCP Tetrahymena thermophila
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 33.13 Å

由来
  • Tetrahymena thermophila (真核生物)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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