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タイトルA nonenzymatic effector disrupts cell wall homeostasis via OmpA targeting to mediate interbacterial competition.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 122, Issue 41, Page e2513207122, Year 2025
掲載日2025年10月14日
著者Jing He / Zhe Chen / Kun Jiang / Yan Yang / Weixun Li / Xiaotong Wang / Xiaoning Xu / Shuaining Zheng / Xuyao Jiao / Xudong Chen / Liujie Huo / Bentley Lim / Shuang-Jiang Liu / Xiang Gao /
PubMed 要旨The human gut microbiome is a dynamic ecosystem where bacteria engage in interspecies competition using molecular weapons such as the type VI secretion system (T6SS). Here, we characterize BteO-BtiO, ...The human gut microbiome is a dynamic ecosystem where bacteria engage in interspecies competition using molecular weapons such as the type VI secretion system (T6SS). Here, we characterize BteO-BtiO, a unique effector-immunity pair in that mediates antagonism via a nonenzymatic mechanism. Microscopy reveals that BteO exposure leads to cell elongation, membrane blebbing, and lysis in sensitive strains. Structural and biochemical analyses demonstrate that BteO disrupts cell wall homeostasis by binding to conserved C-terminal domains of OmpA-family proteins (OmpAs), which are critical for outer membrane integrity. The immunity protein BtiO neutralizes BteO by mimicking the OmpA-binding interface. We further show that bile salts enhance BteO-mediated killing in vitro and that BteO confers a competitive advantage in the mammalian gut. Remarkably, BteO exhibits broad-spectrum activity across species. These findings reveal a nonenzymatic strategy of bacterial antagonism and broaden our understanding of T6SS effector diversity within .
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:41055976 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.9 - 4.18 Å
構造データ

EMDB-64503: Bacteroides fragilis T6SS effector-immunity BteO-BtiO complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.18 Å

PDB-9uu0:
The structure of Bacteroides fragilis T6SS effector BteO
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.72 Å

PDB-9uu1:
Bacteroides fragilis T6SS immunity protein BtiO
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-9uu2:
Outer membrane protein OmpA-c-like domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-IPA:
ISOPROPYL ALCOHOL / alkaloid*YM

由来
  • bacteroides fragilis (バクテリア)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
  • bacteroides fragilis nctc 9343 (バクテリア)
キーワードTOXIN / Bacteroides fragilis T6SS effector / ANTITOXIN / Bacteroides fragilis T6SS immunity protein / STRUCTURAL PROTEIN / Outer membrane protein OmpA-c-like domain

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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