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Structure paper

タイトルStructural assembly of the subcortical maternal complex SCMC.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 34, Issue 1, Page 20-31.e7, Year 2026
掲載日2026年1月8日
著者Guojin Ou / Qingting Liu / Haizhan Jiao / Zhuo Han / Jinhong Li / Ling Min / Pengliang Chi / Sibei Liu / Jialu Li / Qianqian Qi / Zihan Zhang / Li Guo / Xiang Wang / Lei Li / Jing Chen / Hongli Hu / Dong Deng /
PubMed 要旨The subcortical maternal complex (SCMC) is essential for mammalian preimplantation development, yet how SCMC (MATER/NLRP5, TLE6, FLOPED/OOEP) engages regulatory partners remains unclear. We ...The subcortical maternal complex (SCMC) is essential for mammalian preimplantation development, yet how SCMC (MATER/NLRP5, TLE6, FLOPED/OOEP) engages regulatory partners remains unclear. We determined cryo-EM structures of mouse SCMC bound to ZBED3 and human SCMC bound to NLRP2. Our structure reveals that ZBED3 interacts with all three SCMC subunits via its zinc finger domain, with conserved residue Phe73 mediating specific contacts. In contrast, human NLRP2 only binds to the WD40 domain of TLE6 through its leucine-rich repeat (LRR) domain. Similar interactions were also confirmed for NLRP7 with TLE6. These findings were cross-validated by in vivo proximity ligation and in vitro pull-down assays. Our work proposes a paradigmatic "Lego-like" assembly model, where the SCMC sequentially recruits different partners through diverse molecular interfaces. These findings provide critical structural insights into the SCMC's architecture and its multifaceted regulatory roles in early mammalian embryogenesis.
リンクStructure / PubMed:41118754
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.41 Å
構造データ

62813

9l4j

EMDB-62813, PDB-9l4j:
Structure of mouse SCMCcore complex contain ZBED3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

62814

9l4k

EMDB-62814, PDB-9l4k:
Structure of human NLRP2-TLE6-OOEP complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.41 Å

62815

9l4l

EMDB-62815, PDB-9l4l:
Structure of human SCMCcore complex contain NLRP2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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