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Structure paper

タイトルAtomic Insights Into Self-Assembly of Zingibroside R1 and its Therapeutic Action Against Fungal Diseases.
ジャーナル・号・ページAdv Mater, Vol. 37, Issue 26, Page e2503283, Year 2025
掲載日2025年5月6日
著者Mengyun Peng / Qiwei Peng / Wei Li / Xiaochun Chen / Qipeng Yan / Xia Wu / Mingxing Wu / Dan Yuan / He Song / Junfeng Shi /
PubMed 要旨Natural products are a crucial resource for drug discovery, but poor understanding of the molecular-scale mechanisms of their self-assembly into soluble, bioavailable hydrogels limits their ...Natural products are a crucial resource for drug discovery, but poor understanding of the molecular-scale mechanisms of their self-assembly into soluble, bioavailable hydrogels limits their applications and therapeutic potential. It is demonstrated that Zingibroside R1 (ZR1), derived from Panax notoginseng, undergoes spontaneous self-assemble into a hydrogel comprising helical nanofibrils with potent antifungal activity lacking in its monomeric state. Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) revealed an intricate hydrogen-bonding network that facilitates ZR1 nanofibril formation, characterized by a hydrophobic core and hydrophilic exterior architecture, which underpin its binding activity with cell wall in the vulvovaginal candidiasis (VVC) pathogen, C. albicans. The hydrogen-bonding interface between ZR1 gel and glucan compromises membrane integrity, inhibiting C. albicans proliferation in vitro and in VVC model mice in vivo. ZR1 gel could also deliver probiotic Lactobacillus, synergistically inhibiting VVC and restoring the vaginal microenvironment. This study advances the mechanistic understanding of ZR1's structure-function relationships, offering valuable insights into the rational design and therapeutic optimization of natural product-based hydrogels.
リンクAdv Mater / PubMed:40326238
手法EM (らせん対称)
解像度2.5 Å
構造データ

EMDB-61851: Cryo-EM of Zingibroside R1 nanofibrils
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.5 Å

由来
  • Panax japonicus (チクセツニンジン)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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