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Structure paper

タイトルDimerization and substrate recognition of human taurine transporter.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 6163, Year 2025
掲載日2025年7月4日
著者Yimin Zhang / Jiahui Chen / Nanhao Chen / Haolin Xiong / Zhengjiang Zhu / Dongxue Yang / Jingpeng Ge / Jie Yu /
PubMed 要旨Taurine is a conditionally essential nutrient and one of the most abundant amino acids in humans, with diverse physiological functions. The cellular uptake of taurine is primarily mediated by the ...Taurine is a conditionally essential nutrient and one of the most abundant amino acids in humans, with diverse physiological functions. The cellular uptake of taurine is primarily mediated by the taurine transporter (TauT), and its dysfunction leads to retinal regeneration, cardiomyopathy, neurological and aging-associated disorders. Here we determine structures of TauT in two states: the apo inward-facing open state and the occluded state bound with substrate taurine or γ-aminobutyric acid (GABA). In addition to monomer, the structures also reveal a TauT dimer, where two cholesterol molecules act as "molecular glue", and close contacts of two TM5 from each protomer mediate the dimer interface. In combination with functional characterizations, our results elucidate the detailed mechanisms of substrate recognition, specificity and transport by TauT, providing a structural framework for understanding TauT function and exploring potential therapeutic strategies for taurine-deficiency-related disorders.
リンクNat Commun / PubMed:40615403 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.05 - 3.98 Å
構造データ

61379

9jd3

EMDB-61379, PDB-9jd3:
membrane proteins
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

61380

9jd4

EMDB-61380, PDB-9jd4:
taurine transporter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

61385

9jd9

EMDB-61385, PDB-9jd9:
taurine transporter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

61386

9jda

EMDB-61386, PDB-9jda:
taurine transporter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

61392

9jdg

EMDB-61392, PDB-9jdg:
taurine transporter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

61393

9jdj

EMDB-61393, PDB-9jdj:
taurine transporter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

61395

9jdl

EMDB-61395, PDB-9jdl:
taurine transporter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.98 Å

化合物

ChemComp-D12:
DODECANE / ドデカン

ChemComp-LNK:
PENTANE / ペンタン

ChemComp-OCT:
N-OCTANE / オクタン

ChemComp-D10:
DECANE / デカン

ChemComp-HEX:
HEXANE / ヘキサン

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-ABU:
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GABA / 神経伝達物質, 阻害剤*YM

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-TAU:
2-AMINOETHANESULFONIC ACID / タウリン

ChemComp-C14:
TETRADECANE / テトラデカン

ChemComp-DD9:
nonane / ノナン

ChemComp-HP6:
HEPTANE / ヘプタン-1,1,1-トリイルラジカル

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / taurine / transporter

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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