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タイトルA molecular ruler determines the repeat length in eukaryotic cilia and flagella.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 346, Issue 6211, Page 857-860, Year 2014
掲載日2014年11月14日
著者Toshiyuki Oda / Haruaki Yanagisawa / Ritsu Kamiya / Masahide Kikkawa /
PubMed 要旨Existence of cellular structures with specific size raises a fundamental question in biology: How do cells measure length? One conceptual answer to this question is by a molecular ruler, but examples ...Existence of cellular structures with specific size raises a fundamental question in biology: How do cells measure length? One conceptual answer to this question is by a molecular ruler, but examples of such rulers in eukaryotes are lacking. In this work, we identified a molecular ruler in eukaryotic cilia and flagella. Using cryo-electron tomography, we found that FAP59 and FAP172 form a 96-nanometer (nm)-long complex in Chlamydomonas flagella and that the absence of the complex disrupted 96-nm repeats of axonemes. Furthermore, lengthening of the FAP59/172 complex by domain duplication resulted in extension of the repeats up to 128 nm, as well as duplication of specific axonemal components. Thus, the FAP59/172 complex is the molecular ruler that determines the 96-nm repeat length and arrangements of components in cilia and flagella.
リンクScience / PubMed:25395538
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度45.0 - 52.0 Å
構造データ

EMDB-6108:
A molecular ruler determines the repeat length in eukaryotic cilia and flagella
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 45.0 Å

EMDB-6109:
A molecular ruler determines the repeat length in eukaryotic cilia and flagella
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 49.0 Å

EMDB-6110:
A molecular ruler determines the repeat length in eukaryotic cilia and flagella
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 47.0 Å

EMDB-6111:
A molecular ruler determines the repeat length in eukaryotic cilia and flagella
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 49.0 Å

EMDB-6112:
A molecular ruler determines the repeat length in eukaryotic cilia and flagella
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 51.0 Å

EMDB-6113:
A molecular ruler determines the repeat length in eukaryotic cilia and flagella
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 46.0 Å

EMDB-6114:
A molecular ruler determines the repeat length in eukaryotic cilia and flagella
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 51.0 Å

EMDB-6115:
A molecular ruler determines the repeat length in eukaryotic cilia and flagella
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 52.0 Å

EMDB-6116:
A molecular ruler determines the repeat length in eukaryotic cilia and flagella
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 51.0 Å

EMDB-6117:
A molecular ruler determines the repeat length in eukaryotic cilia and flagella
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 52.0 Å

由来
  • Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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