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タイトルStructural remodeling of bacteriophage T4 and host membranes during infection initiation.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 112, Issue 35, Page E4919-E4928, Year 2015
掲載日2015年9月1日
著者Bo Hu / William Margolin / Ian J Molineux / Jun Liu /
PubMed 要旨The first stages of productive bacteriophage infections of bacterial host cells require efficient adsorption to the cell surface followed by ejection of phage DNA into the host cytoplasm. To achieve ...The first stages of productive bacteriophage infections of bacterial host cells require efficient adsorption to the cell surface followed by ejection of phage DNA into the host cytoplasm. To achieve this goal, a phage virion must undergo significant structural remodeling. For phage T4, the most obvious change is the contraction of its tail. Here, we use skinny E. coli minicells as a host, along with cryo-electron tomography and mutant phage virions, to visualize key structural intermediates during initiation of T4 infection. We show for the first time that most long tail fibers are folded back against the tail sheath until irreversible adsorption, a feature compatible with the virion randomly walking across the cell surface to find an optimal site for infection. Our data confirm that tail contraction is triggered by structural changes in the baseplate, as intermediates were found with remodeled baseplates and extended tails. After contraction, the tail tube penetrates the host cell periplasm, pausing while it degrades the peptidoglycan layer. Penetration into the host cytoplasm is accompanied by a dramatic local outward curvature of the cytoplasmic membrane as it fuses with the phage tail tip. The baseplate hub protein gp27 and/or the ejected tape measure protein gp29 likely form the transmembrane channel for viral DNA passage into the cell cytoplasm. Building on the wealth of prior biochemical and structural information, this work provides new molecular insights into the mechanistic pathway of T4 phage infection.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:26283379 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度31.0 - 40.0 Å
構造データ

EMDB-2774:
Cryo electron tomography of infective bacteriophage T4
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 36.0 Å

EMDB-6078:
Cryo electron tomography of Wac-minus bacteriophage T4
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 38.0 Å

EMDB-6079:
Cryo electron tomography of fiberless bacteriophage T4
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 31.0 Å

EMDB-6080:
Cryo electron tomography of infective bacteriophage T4
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 40.0 Å

EMDB-6081:
Cryo electron tomography of gp9 minus bacteriophage T4
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 31.0 Å

EMDB-6082:
Cryo electron tomography of infective bacteriophage T4
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 31.0 Å

EMDB-6083:
Cryo electron tomography of infective bacteriophage T4
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 33.0 Å

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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