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タイトルMechanism of action and capsid-stabilizing properties of VHHs with an in vitro antipolioviral activity.
ジャーナル・号・ページJ Virol, Vol. 88, Issue 8, Page 4403-4413, Year 2014
掲載日2014年2月5日
著者Lise Schotte / Mike Strauss / Bert Thys / Hadewych Halewyck / David J Filman / Mihnea Bostina / James M Hogle / Bart Rombaut /
PubMed 要旨Previously, we reported on the in vitro antiviral activity of single-domain antibody fragments (VHHs) directed against poliovirus type 1. Five VHHs were found to neutralize poliovirus type 1 in an in ...Previously, we reported on the in vitro antiviral activity of single-domain antibody fragments (VHHs) directed against poliovirus type 1. Five VHHs were found to neutralize poliovirus type 1 in an in vitro setting and showed 50% effective concentrations (EC50s) in the nanomolar range. In the present study, we further investigated the mechanism of action of these VHHs. All five VHHs interfere at multiple levels of the viral replication cycle, as they interfere both with attachment of the virus to cells and with viral uncoating. The latter effect is consistent with their ability to stabilize the poliovirus capsid, as observed in a ThermoFluor thermal shift assay, in which the virus is gradually heated and the temperature causing 50% of the RNA to be released from the capsid is determined, either in the presence or in the absence of the VHHs. The VHH-capsid interactions were also seen to induce aggregation of the virus-VHH complexes. However, this observation cannot yet be linked to their mechanism of action. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstructions of two VHHs in complex with poliovirus type 1 show no conformational changes of the capsid to explain this aggregation. On the other hand, these reconstructions do show that the binding sites of VHHs PVSP6A and PVSP29F overlap the binding site for the poliovirus receptor (CD155/PVR) and span interfaces that are altered during receptor-induced conformational changes associated with cell entry. This may explain the interference at the level of cell attachment of the virus as well as their effect on uncoating.
IMPORTANCE: The study describes the mechanism of neutralization and the capsid-stabilizing activity of five single-domain antibody fragments (VHHs) that have an in vitro neutralizing activity against poliovirus type 1. The results show that the VHHs interfere at multiple levels of the viral replication cycle (cell attachment and viral uncoating). These mechanisms are possibly shared by some conventional antibodies and may therefore provide some insight into the natural immune responses. Since the binding sites of two VHHs studied by cryo-EM are very similar to that of the receptor, the VHHs can be used as probes to study the authentic virus-cell interaction. The structures and conclusions in this study are original and raise interesting findings regarding virus-receptor interactions and the order of key events early in infection.
リンクJ Virol / PubMed:24501405 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.8 - 6.5 Å
構造データ

EMDB-5886:
Electron cryo-microscopy of nanobody AB6 in complex with poliovirus P1/Mahoney
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

EMDB-5888:
Electron cryo-microscopy of nanobody AB29 in complex with poliovirus P1/Mahoney
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.5 Å

由来
  • Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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