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タイトルInfluences on trimerization and aggregation of soluble, cleaved HIV-1 SOSIP envelope glycoprotein.
ジャーナル・号・ページJ Virol, Vol. 87, Issue 17, Page 9873-9885, Year 2013
掲載日2013年7月3日
著者Per Johan Klasse / Rafael S Depetris / Robert Pejchal / Jean-Philippe Julien / Reza Khayat / Jeong Hyun Lee / Andre J Marozsan / Albert Cupo / Nicolette Cocco / Jacob Korzun / Anila Yasmeen / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Rogier W Sanders / John P Moore /
PubMed 要旨We describe methods to improve the properties of soluble, cleaved gp140 trimers of the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) envelope glycoproteins (Env) for use in structural studies and as ...We describe methods to improve the properties of soluble, cleaved gp140 trimers of the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) envelope glycoproteins (Env) for use in structural studies and as immunogens. In the absence of nonionic detergents, gp140 of the KNH1144 genotype, terminating at residue 681 in gp41 (SOSIP.681), has a tendency to form higher-order complexes or aggregates, which is particularly undesirable for structure-based research. We found that this aggregation in the absence of detergent does not involve the V1, V2, or V3 variable regions of gp120. Moreover, we observed that detergent forms micelles around the membrane-proximal external region (MPER) of the SOSIP.681 gp140 trimers, whereas deletion of most of the MPER residues by terminating the gp140 at residue 664 (SOSIP.664) prevented the aggregation that otherwise occurs in SOSIP.681 in the absence of detergent. Although the MPER can contribute to trimer formation, truncation of most of it only modestly reduced trimerization and lacked global adverse effects on antigenicity. Thus, the MPER deletion minimally influenced the kinetics of the binding of soluble CD4 and a CD4-binding site antibody to immobilized trimers, as detected by surface plasmon resonance. Furthermore, the MPER deletion did not alter the overall three-dimensional structure of the trimers, as viewed by negative-stain electron microscopy. Homogeneous and aggregate-free MPER-truncated SOSIP Env trimers are therefore useful for immunogenicity and structural studies.
リンクJ Virol / PubMed:23824824 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度14.0 - 22.0 Å
構造データ

EMDB-5700:
Negative stained image reconstruction of HIV KNH11444 subtype A SOSIP.681
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-5701:
Negative stained image reconstruction of HIV KNH11444 subtype A SOSIP.681.dV1V2V3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-5702:
Negative stained image reconstruction of HIV KNH11444 subtype A SOSIP.681 in complex with Fab fragment of VRC PG04 monoclonal antibody
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-5703:
Negative stained image reconstruction of HIV KNH11444 subtype A SOSIP.681.dV1V2V3 in complex with Fab fragment of VRC PG04 monoclonal antibody
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-5704:
Negative stained image reconstruction of HIV KNH11444 subtype A SOSIP.681 in complex with soluble CD4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-5705:
Negative stained image reconstruction of HIV KNH11444 subtype A SOSIP.664
手法: EM (単粒子) / 解像度: 14.0 Å

EMDB-5706:
Negative stained image reconstruction of HIV KNH11444 subtype A SOSIP.664 in complex with Fab fragment of VRC PG04 monoclonal antibody
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-5707:
Negative stained image reconstruction of HIV KNH11444 subtype A SOSIP.664.dV1V2V3 in complex with Fab fragment of VRC PG04 monoclonal antibody
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-5708:
Negative stained image reconstruction of HIV KNH11444 subtype A SOSIP.664 in complex with soluble CD4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

EMDB-5709:
Negative stained image reconstruction of HIV KNH11444 subtype A SOSIP.664.dV1V2V3 in complex with soluble CD4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

由来
  • Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
  • unidentified (未定義)
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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