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Structure paper

タイトルCryoelectron tomography reveals the sequential assembly of bacterial flagella in Borrelia burgdorferi.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 110, Issue 35, Page 14390-14395, Year 2013
掲載日2013年8月27日
著者Xiaowei Zhao / Kai Zhang / Tristan Boquoi / Bo Hu / M A Motaleb / Kelly A Miller / Milinda E James / Nyles W Charon / Michael D Manson / Steven J Norris / Chunhao Li / Jun Liu /
PubMed 要旨Periplasmic flagella are essential for the distinctive morphology, motility, and infectious life cycle of the Lyme disease spirochete Borrelia burgdorferi. In this study, we genetically trapped ...Periplasmic flagella are essential for the distinctive morphology, motility, and infectious life cycle of the Lyme disease spirochete Borrelia burgdorferi. In this study, we genetically trapped intermediates in flagellar assembly and determined the 3D structures of the intermediates to 4-nm resolution by cryoelectron tomography. We provide structural evidence that secretion of rod substrates triggers remodeling of the central channel in the flagellar secretion apparatus from a closed to an open conformation. This open channel then serves as both a gateway and a template for flagellar rod assembly. The individual proteins assemble sequentially to form a modular rod. The hook cap initiates hook assembly on completion of the rod, and the filament cap facilitates filament assembly after formation of the mature hook. Cryoelectron tomography and mutational analysis thus combine synergistically to provide a unique structural blueprint of the assembly process of this intricate molecular machine in intact cells.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:23940315 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度35.0 - 39.0 Å
構造データ

EMDB-5627:
Cryo-electron tomography of in situ flagellar motor of Borrelia burgdorferi
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 35.0 Å

EMDB-5628:
Cryo-electron tomography of in situ flagellar motor of Borrelia burgdorferi FliE mutant
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 39.0 Å

EMDB-5629:
Cryo-electron tomography of in situ flagellar motor of Borrelia burgdorferi FlgB mutant
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 39.0 Å

EMDB-5630:
Cryo-electron tomography of in situ flagellar motor of Borrelia burgdorferi FlgC mutant
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 38.0 Å

EMDB-5631:
Cryo-electron tomography of in situ flagellar motor of Borrelia burgdorferi FlhO mutant
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 39.0 Å

EMDB-5632:
Cryo-electron tomography of in situ flagellar motor of Borrelia burgdorferi FlgG mutant
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 37.0 Å

EMDB-5633:
Cryo-electron tomography of in situ flagellar motor of Borrelia burgdorferi FlgE mutant
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 38.0 Å

由来
  • Borrelia burgdorferi (バクテリア)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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