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タイトルReconfiguration of the proteasome during chaperone-mediated assembly.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 497, Issue 7450, Page 512-516, Year 2013
掲載日2013年5月23日
著者Soyeon Park / Xueming Li / Ho Min Kim / Chingakham Ranjit Singh / Geng Tian / Martin A Hoyt / Scott Lovell / Kevin P Battaile / Michal Zolkiewski / Philip Coffino / Jeroen Roelofs / Yifan Cheng / Daniel Finley /
PubMed 要旨The proteasomal ATPase ring, comprising Rpt1-Rpt6, associates with the heptameric α-ring of the proteasome core particle (CP) in the mature proteasome, with the Rpt carboxy-terminal tails inserting ...The proteasomal ATPase ring, comprising Rpt1-Rpt6, associates with the heptameric α-ring of the proteasome core particle (CP) in the mature proteasome, with the Rpt carboxy-terminal tails inserting into pockets of the α-ring. Rpt ring assembly is mediated by four chaperones, each binding a distinct Rpt subunit. Here we report that the base subassembly of the Saccharomyces cerevisiae proteasome, which includes the Rpt ring, forms a high-affinity complex with the CP. This complex is subject to active dissociation by the chaperones Hsm3, Nas6 and Rpn14. Chaperone-mediated dissociation was abrogated by a non-hydrolysable ATP analogue, indicating that chaperone action is coupled to nucleotide hydrolysis by the Rpt ring. Unexpectedly, synthetic Rpt tail peptides bound α-pockets with poor specificity, except for Rpt6, which uniquely bound the α2/α3-pocket. Although the Rpt6 tail is not visualized within an α-pocket in mature proteasomes, it inserts into the α2/α3-pocket in the base-CP complex and is important for complex formation. Thus, the Rpt-CP interface is reconfigured when the lid complex joins the nascent proteasome to form the mature holoenzyme.
リンクNature / PubMed:23644457 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度5 - 9.6 Å
構造データ

EMDB-5593:
3D reconstruction of yeast 20S proteasome core particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.9 Å

EMDB-5611:
Yeast 20S proteasome with C-terminal peptide of yeast Rpt1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.3 Å

EMDB-5612:
Yeast 20S proteasome with C-terminal peptide of yeast Rpt2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.7 Å

EMDB-5613:
Yeast 20S proteasome with C-terminal peptide of yeast Rpt3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.7 Å

EMDB-5614:
Yeast 20S proteasome with C-terminal peptide of yeast Rpt4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.8 Å

EMDB-5615:
Yeast 20S proteasome with C-terminal peptide of yeast Rpt5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.1 Å

EMDB-5616:
Yeast 20S proteasome with C-terminal peptide of yeast Rpt1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.9 Å

EMDB-5617:
Yeast 20S proteasome in complex with purified yeast 19S base sub complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.6 Å

PDB-4jpo:
5A resolution structure of Proteasome Assembly Chaperone Hsm3 in complex with a C-terminal fragment of Rpt1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 5 Å

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードCHAPERONE/HYDROLASE / Hsm3 / Chaperone / Proteasome / Protein Complex / CHAPERONE-HYDROLASE complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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