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Structure paper

タイトルCryo-EM reveals open and closed Asgard chromatin assemblies.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 85, Issue 22, Page 4152-44165.e5, Year 2025
掲載日2025年11月20日
著者Harsh M Ranawat / Marc K Cajili / Natalia Lopez-Barbosa / Thomas Quail / Remus T Dame / Svetlana O Dodonova /
PubMed 要旨Asgards are the closest archaeal relatives of eukaryotes, representing an important step in chromatin evolution. However, their chromatin organization has remained enigmatic until now. In this study, ...Asgards are the closest archaeal relatives of eukaryotes, representing an important step in chromatin evolution. However, their chromatin organization has remained enigmatic until now. In this study, we present the first structures of Asgard chromatin assemblies formed by the Hodarchaeal histone HHoB. Our high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures reveal that this Asgard histone assembles into compact "closed" and into extended "open" hypernucleosomes. Thus, the closed hypernucleosome conformation is conserved across archaeal lineages, while the open conformation resembles a eukaryotic H3-H4 octasome and likely represents an Asgard-specific innovation. Moreover, we show that Mg²⁺ ions influence Asgard chromatin conformation, suggesting a regulatory role. Overall, our study provides the first structure-based model of Asgard chromatin organization, expanding our understanding of chromatin architecture in an evolutionary context.
リンクMol Cell / PubMed:41161312
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 10.5 Å
構造データ

53386

9qv5

EMDB-53386, PDB-9qv5:
Asgard Archaeal HHoB nucleosome in the closed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

53387

9qv6

EMDB-53387, PDB-9qv6:
Asgard HHoB hypernucleosome in the closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

53388

9qv7

EMDB-53388, PDB-9qv7:
Asgard HHoB nucleosome in the open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-53389: Asgard HHoB open hypernucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.5 Å

EMDB-53390: Asgard HHoB nucleosome map in the open state in 0mM MgCl2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.44 Å

由来
  • candidatus heimdallarchaeota archaeon lc_3 (古細菌)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Archaea / Asgard / chromatin / nucleosome / histone / DNA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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