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タイトルTrimeric HIV-1 glycoprotein gp140 immunogens and native HIV-1 envelope glycoproteins display the same closed and open quaternary molecular architectures.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 108, Issue 28, Page 11440-11445, Year 2011
掲載日2011年7月12日
著者Audray Harris / Mario J Borgnia / Dan Shi / Alberto Bartesaghi / Haifeng He / Robert Pejchal / Yun Kenneth Kang / Rafael Depetris / Andre J Marozsan / Rogier W Sanders / Per Johan Klasse / Jacqueline L S Milne / Ian A Wilson / William C Olson / John P Moore / Sriram Subramaniam /
PubMed 要旨The initial step in HIV-1 infection occurs with the binding of cell surface CD4 to trimeric HIV-1 envelope glycoproteins (Env), a heterodimer of a transmembrane glycoprotein (gp41) and a surface ...The initial step in HIV-1 infection occurs with the binding of cell surface CD4 to trimeric HIV-1 envelope glycoproteins (Env), a heterodimer of a transmembrane glycoprotein (gp41) and a surface glycoprotein (gp120). The design of soluble versions of trimeric Env that display structural and functional properties similar to those observed on intact viruses is highly desirable from the viewpoint of designing immunogens that could be effective as vaccines against HIV/AIDS. Using cryoelectron tomography combined with subvolume averaging, we have analyzed the structure of SOSIP gp140 trimers, which are cleaved, solubilized versions of the ectodomain of trimeric HIV-1 Env. We show that unliganded gp140 trimers adopt a quaternary arrangement similar to that displayed by native unliganded trimers on the surface of intact HIV-1 virions. When complexed with soluble CD4, Fab 17b, which binds to gp120 at its chemokine coreceptor binding site, or both soluble CD4 and 17b Fab, gp140 trimers display an open conformation in which there is an outward rotation and displacement of each gp120 protomer. We demonstrate that the molecular arrangements of gp120 trimers in the closed and open conformations of the soluble trimer are the same as those observed for the closed and open states, respectively, of trimeric gp120 on intact HIV-1 BaL virions, establishing that soluble gp140 trimers can be designed to mimic the quaternary structural transitions displayed by native trimeric Env.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:21709254 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (サブトモグラム平均)
解像度20.0 Å
構造データ

EMDB-1930:
Molecular structure of soluble trimeric HIV-1 glycoprotein gp140 JR-FL
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-5320:
Molecular structure of soluble trimeric HIV-1 glycoprotein gp140 KNH1144
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-5321:
Molecular structure of soluble trimeric HIV-1 glycoprotein gp140 KNH1144 with sCD4
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-5322:
Molecular structure of soluble trimeric HIV-1 glycoprotein gp140 JR-FL with sCD4
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-5323:
Molecular structure of soluble trimeric HIV-1 glycoprotein gp140 KNH1144 with sCD4 and 17b
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-5324:
Molecular structure of soluble trimeric HIV-1 glycoprotein gp140 JR-FL with sCD4 and 17b
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-5325:
Molecular structure of soluble trimeric HIV-1 glycoprotein gp140 KNH1144 with 17b
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 20.0 Å

由来
  • Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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