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タイトルMechanistic insights into Bcs1-mediated mitochondrial membrane translocation of the folded Rieske protein.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 44, Issue 13, Page 3720-3741, Year 2025
掲載日2025年5月23日
著者Cristian Rosales-Hernandez / Matthias Thoms / Otto Berninghausen / Thomas Becker / Roland Beckmann /
PubMed 要旨A functional mitochondrial respiratory chain requires coordinated and tightly regulated assembly of mitochondrial- and nuclear-encoded subunits. For bc1 complex (complex III) assembly, the iron- ...A functional mitochondrial respiratory chain requires coordinated and tightly regulated assembly of mitochondrial- and nuclear-encoded subunits. For bc1 complex (complex III) assembly, the iron-sulfur protein Rip1 must first be imported into the mitochondrial matrix to fold and acquire its 2Fe-2S cluster, then translocated and inserted into the inner mitochondrial membrane (IM). This translocation of folded Rip1 is accomplished by Bcs1, an unusual heptameric AAA ATPase that couples ATP hydrolysis to translocation. However, the molecular and mechanistic details of Bcs1-mediated Rip1 translocation have remained elusive. Here, we provide structural and biochemical evidence on how Bcs1 alternates between conformational states to translocate Rip1 across the IM. Using cryo-electron microscopy (cryo-EM), we identified substrate-bound pre-translocation and pre-release states, revealing how electrostatic interactions promote Rip1 binding to Bcs1. An ATP-induced conformational switch of the Bcs1 heptamer facilitates Rip1 translocation between two distinct aqueous vestibules-one exposed to the matrix, the other to the intermembrane space-in an airlock-like mechanism. This would minimize disruption of the IM permeability barrier, which could otherwise lead to proton leakage and compromised mitochondrial energy conversion.
リンクEMBO J / PubMed:40410623 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.58 - 3.56 Å
構造データ

EMDB-51537, PDB-9gs2:
Structure of the Rieske bound Apo1 state of the heptameric Bcs1 AAA-ATPase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.46 Å

EMDB-51552, PDB-9gsn:
Structure of the ATPgS-S1 state of the heptameric Bcs1 AAA-ATPase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.58 Å

EMDB-51561: Heptameric AAA-ATPase Bcs1 in complex with bc1 mitochondrial subunit Rieske
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.56 Å

EMDB-51562: Heptameric AAA-ATPase Bcs1 in the ATPgS2 state bound to Rieske-ISP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

EMDB-51605, PDB-9gu9:
Structure of the ATPgS-S2 state of the heptameric Bcs1 AAA-ATPase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.74 Å

EMDB-53185: ATPgS-S1 (C1) state of the heptameric Bcs1 AAA-ATPase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

EMDB-53189: ATPgS-S2 (C1) state of the heptameric Bcs1 AAA-ATPase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードTRANSLOCASE / Heptameric complex Iron-sulfur cluster substrate / Heptameric complex / mitochondrial

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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