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タイトルUFMylation orchestrates spatiotemporal coordination of RQC at the ER.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 11, Issue 18, Page eadv0435, Year 2025
掲載日2025年5月2日
著者Ivan Penchev / Samantha Gumbin / Francesco Scavone / Otto Berninghausen / Thomas Becker / Ron Kopito / Roland Beckmann /
PubMed 要旨Degradation of arrest peptides from endoplasmic reticulum (ER) translocon-bound 60 ribosomal subunits via the ribosome-associated quality control (ER-RQC) pathway requires covalent modification of ...Degradation of arrest peptides from endoplasmic reticulum (ER) translocon-bound 60 ribosomal subunits via the ribosome-associated quality control (ER-RQC) pathway requires covalent modification of RPL26/uL24 on 60 ribosomal subunits with UFM1. However, the underlying mechanism that coordinates the UFMylation and RQC pathways remains elusive. Structural analysis of ER-RQC intermediates revealed concomitant binding and direct interaction of the UFMylation and RQC machineries on the 60. In the presence of an arrested peptidyl-transfer RNA, the RQC factor NEMF and the UFM1 E3 ligase (E3) form a direct interaction via the UFL1 subunit of E3, and UFL1 adopts a conformation distinct from that previously observed for posttermination 60. While this concomitant binding occurs on translocon-bound 60, LTN1 recruitment and arrest peptide degradation require UFMylation-dependent 60 dissociation from the translocon. These data reveal a mechanism by which the UFMylation cycle orchestrates ER-RQC.
リンクSci Adv / PubMed:40315331 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 4.0 Å
構造データ

51681

9gy4

EMDB-51681, PDB-9gy4:
60S ribosomal subunit in complex with E3-UFM1 ligase and RQC machinery components NEMF and LTN1 (Composite map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-51682: 60S ribosomal subunit in complex with E3-UFM1 ligase and RQC machinery components NEMF and LTN1 (60S body)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-51683: 60S ribosomal subunit in complex with E3-UFM1 ligase and RQC machinery components NEMF and LTN1 (UFM1 E3 ligase and NEMF)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-51684: 60S ribosomal subunit in complex with E3-UFM1 ligase and RQC machinery components NEMF and LTN1 (LTN1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-51685: 60S ribosomal subunit in complex with E3-UFM1 ligase and RQC machinery components NEMF and LTN1 (Consensus refinement map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-51686: 60S ribosomal subunit in complex with RQC components NEMF and LTN1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-51687: 60S ribosomal subunit in complex with E3-UFM1 ligase, NEMF, and Sec61
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-51688: 60S ribosomal subunit in complex with NEMF and Sec61
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRIBOSOME / 60S / UFMylation / ER / RQC

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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