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タイトルThe novel ribosome biogenesis inhibitor usnic acid blocks nucleolar pre-60S maturation.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 7511, Year 2024
掲載日2024年8月29日
著者Lisa Kofler / Lorenz Grundmann / Magdalena Gerhalter / Michael Prattes / Juliane Merl-Pham / Gertrude Zisser / Irina Grishkovskaya / Victor-Valentin Hodirnau / Martin Vareka / Rolf Breinbauer / Stefanie M Hauck / David Haselbach / Helmut Bergler /
PubMed 要旨The formation of new ribosomes is tightly coordinated with cell growth and proliferation. In eukaryotes, the correct assembly of all ribosomal proteins and RNAs follows an intricate scheme of ...The formation of new ribosomes is tightly coordinated with cell growth and proliferation. In eukaryotes, the correct assembly of all ribosomal proteins and RNAs follows an intricate scheme of maturation and rearrangement steps across three cellular compartments: the nucleolus, nucleoplasm, and cytoplasm. We demonstrate that usnic acid, a lichen secondary metabolite, inhibits the maturation of the large ribosomal subunit in yeast. We combine biochemical characterization of pre-ribosomal particles with a quantitative single-particle cryo-EM approach to monitor changes in nucleolar particle populations upon drug treatment. Usnic acid rapidly blocks the transition from nucleolar state B to C of Nsa1-associated pre-ribosomes, depleting key maturation factors such as Dbp10 and hindering pre-rRNA processing. This primary nucleolar block rapidly rebounds on earlier stages of the pathway which highlights the regulatory linkages between different steps. In summary, we provide an in-depth characterization of the effect of usnic acid on ribosome biogenesis, which may have implications for its reported anti-cancer activities.
リンクNat Commun / PubMed:39209816 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 3.7 Å
構造データ

EMDB-51122: Nsa-Tap Pre-60S particle - cluster 1, combined
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-51126: Nsa-Tap Pre-60S particle - cluster 2, combined
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-51128: Nsa-Tap Pre-60S particle - cluster 3, combined
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-51129: Nsa-Tap Pre-60S particle - cluster 4, combined
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-51164: Nsa-Tap Pre-60S particle - cluster 1, untreated
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-51165: Nsa-Tap Pre-60S particle - cluster 2, untreated
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-51166: Nsa-Tap Pre-60S particle - cluster 3, untreated
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-51167: Nsa-Tap Pre-60S particle - cluster 4, untreated
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-51175: Nsa-Tap Pre-60S particle - cluster 1, treated
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-51176: Nsa-Tap Pre-60S particle - cluster 2, treated
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-51177: Nsa-Tap Pre-60S particle - cluster 3, treated
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-51178: Nsa-Tap Pre-60S particle - cluster 4, treated
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

由来
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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