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Structure paper

タイトルMolecular basis of foreign DNA recognition by BREX anti-phage immunity system.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 1825, Year 2025
掲載日2025年2月20日
著者Alena Drobiazko / Myfanwy C Adams / Mikhail Skutel / Kristina Potekhina / Oksana Kotovskaya / Anna Trofimova / Mikhail Matlashov / Daria Yatselenko / Karen L Maxwell / Tim R Blower / Konstantin Severinov / Dmitry Ghilarov / Artem Isaev /
PubMed 要旨Anti-phage systems of the BREX (BacteRiophage EXclusion) superfamily rely on site-specific epigenetic DNA methylation to discriminate between the host and invading DNA. We demonstrate that in Type I ...Anti-phage systems of the BREX (BacteRiophage EXclusion) superfamily rely on site-specific epigenetic DNA methylation to discriminate between the host and invading DNA. We demonstrate that in Type I BREX systems, defense and methylation require BREX site DNA binding by the BrxX (PglX) methyltransferase employing S-adenosyl methionine as a cofactor. We determined 2.2-Å cryoEM structure of Escherichia coli BrxX bound to target dsDNA revealing molecular details of BREX DNA recognition. Structure-guided engineering of BrxX expands its DNA specificity and dramatically enhances phage defense. We show that BrxX alone does not methylate DNA, and BREX activity requires an assembly of a supramolecular BrxBCXZ immune complex. Finally, we present a cryoEM structure of BrxX bound to a phage-encoded inhibitor Ocr that sequesters BrxX in an inactive dimeric form. We propose that BrxX-mediated foreign DNA sensing is a necessary first step in activation of BREX defense.
リンクNat Commun / PubMed:39979294 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.22 - 3.9 Å
構造データ

50027

9ewz

EMDB-50027, PDB-9ewz:
Cryo-EM structure of the E. coli BrxX methyltransferase in complex with DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.22 Å

EMDB-50028: Focused map for NTD and MTD domains of the phage immunity methyltransferase protein BrxX.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.84 Å

EMDB-50029: Consensus map for the phage immunity methyltransferase protein BrxX
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.91 Å

50032

9ex7

EMDB-50032, PDB-9ex7:
Cryo-EM structure of the E. coli BrxX methyltransferase in complex with Ocr
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.91 Å

50038

9exh

EMDB-50038, PDB-9exh:
Cryo-EM structure of the Apo E. coli BrxX methyltransferase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-SAM:
S-ADENOSYLMETHIONINE

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia phage t7 (ファージ)
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase / phage defense / BREX / DNA-binding / DNA binding

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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