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タイトルA competitive regulatory mechanism of the Chd1 remodeler is integral to distorting nucleosomal DNA.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 32, Issue 8, Page 1445-1455, Year 2025
掲載日2025年5月28日
著者Ilana M Nodelman / Heather J Folkwein / Wesley S Glime / Jean-Paul Armache / Gregory D Bowman /
PubMed 要旨The Chd1 chromatin remodeler repositions nucleosomes into evenly spaced arrays, a characteristic of most eukaryotic genes. Here we show that the yeast Chd1 remodeler requires two activating segments ...The Chd1 chromatin remodeler repositions nucleosomes into evenly spaced arrays, a characteristic of most eukaryotic genes. Here we show that the yeast Chd1 remodeler requires two activating segments to distort nucleosomal DNA into an A-form-like conformation, a critical first step in nucleosome sliding. As shown by cryo-electron microscopy, these two activating segments together pack against the ATPase motor, where they are poised to stabilize the central ATPase cleft. These activating elements contact the ATPase at locations that are incompatible with binding of NegC, an autoinhibitory segment located between the two activators. NegC inhibits sliding by antagonizing the activators through steric competition and constraining activator placement, giving rise to directional nucleosome sliding. Given that activator reinforcement of the ATPase cleft is needed for DNA distortion, this first step in remodeling appears to provide a natural checkpoint for regulation of chromatin remodeler activity.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:40437259 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.37 - 2.9 Å
構造データ

EMDB-49060: 2.37 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome reconstructruction. Combined 1:1 and 2:1 complexes
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.37 Å

49061

9n6h

EMDB-49061, PDB-9n6h:
2.54 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 1:1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.54 Å

49062

9n6i

EMDB-49062, PDB-9n6i:
2.61 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 2:1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.61 Å

49063

9n6k

EMDB-49063, PDB-9n6k:
2.88 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 2:1 complex with DNA-binding domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-49064: 2.90 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 2:1 complex with C-terminal activator helix around residue 945
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / chromatin / CHD1 / remodeler / ATP-dependent chromatin remodeler / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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