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Structure paper

タイトルStructure of mitochondrial pyruvate carrier and its inhibition mechanism.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 641, Issue 8061, Page 250-257, Year 2025
掲載日2025年3月5日
著者Zheng He / Jianxiu Zhang / Yan Xu / Eve J Fine / Carl-Mikael Suomivuori / Ron O Dror / Liang Feng /
PubMed 要旨The mitochondrial pyruvate carrier (MPC) governs the entry of pyruvate-a central metabolite that bridges cytosolic glycolysis with mitochondrial oxidative phosphorylation-into the mitochondrial ...The mitochondrial pyruvate carrier (MPC) governs the entry of pyruvate-a central metabolite that bridges cytosolic glycolysis with mitochondrial oxidative phosphorylation-into the mitochondrial matrix. It thus serves as a pivotal metabolic gatekeeper and has fundamental roles in cellular metabolism. Moreover, MPC is a key target for drugs aimed at managing diabetes, non-alcoholic steatohepatitis and neurodegenerative diseases. However, despite MPC's critical roles in both physiology and medicine, the molecular mechanisms underlying its transport function and how it is inhibited by drugs have remained largely unclear. Here our structural findings on human MPC define the architecture of this vital transporter, delineate its substrate-binding site and translocation pathway, and reveal its major conformational states. Furthermore, we explain the binding and inhibition mechanisms of MPC inhibitors. Our findings provide the molecular basis for understanding MPC's function and pave the way for the development of more-effective therapeutic reagents that target MPC.
リンクNature / PubMed:40044865 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.73 - 3.35 Å
構造データ

48441

9mnw

EMDB-48441: Cryo-EM structure of membrane transporter with inhibitor G
PDB-9mnw: Cryo-EM structure of human MPC in complex with GW604714
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

48442

9mnx

EMDB-48442, PDB-9mnx:
Cryo-EM structure of human MPC in complex with UK5099 in LMNG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

48443

9mny

EMDB-48443, PDB-9mny:
Cryo-EM structure of human MPC with pyruvate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.78 Å

48444

9mnz

EMDB-48444, PDB-9mnz:
Cryo-EM structure of human MPC in complex with UK5099 in nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

48445

9mo0

EMDB-48445, PDB-9mo0:
Cryo-EM structure of human MPC in complex with AKOS005153046
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

化合物

PDB-1bm8:
DNA-BINDING DOMAIN OF MBP1

ChemComp-I2R:
(E)-2-cyano-3-(1-phenylindol-3-yl)prop-2-enoic acid / 阻害剤*YM

ChemComp-PYR:
PYRUVIC ACID

PDB-1il4:
STRUCTURE OF RICIN A CHAIN BOUND WITH INHIBITOR 9-DEAZAGUANINE

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • synthetic construct (人工物)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードTRANSPORT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / Membrane transporter / TRANSPORT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex / TRANSPORT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / TRANSPORT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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