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タイトルStructural convergence and water-mediated substrate mimicry enable broad neuraminidase inhibition by human antibodies.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 7068, Year 2025
掲載日2025年8月1日
著者Julia Lederhofer / Andrew J Borst / Lam Nguyen / Rebecca A Gillespie / Connor J Williams / Emma L Walker / Julie E Raab / Christina Yap / Daniel Ellis / Adrian Creanga / Hyon-Xhi Tan / Thi H T Do / Michelle Ravichandran / Adrian B McDermott / Valerie Le Sage / Sarah F Andrews / Barney S Graham / Adam K Wheatley / Douglas S Reed / Neil P King / Masaru Kanekiyo /
PubMed 要旨Influenza has been responsible for multiple global pandemics and seasonal epidemics and claimed millions of lives. The imminent threat of a panzootic outbreak of avian influenza H5N1 virus ...Influenza has been responsible for multiple global pandemics and seasonal epidemics and claimed millions of lives. The imminent threat of a panzootic outbreak of avian influenza H5N1 virus underscores the urgent need for pandemic preparedness and effective countermeasures, including monoclonal antibodies (mAbs). Here, we characterize human mAbs that target the highly conserved catalytic site of viral neuraminidase (NA), termed NCS mAbs, and the molecular basis of their broad specificity. Cross-reactive NA-specific B cells were isolated by using stabilized NA probes of non-circulating subtypes. We found that NCS mAbs recognized multiple NAs of influenza A as well as influenza B NAs and conferred prophylactic protections in mice against H1N1, H5N1, and influenza B viruses. Cryo-electron microscopy structures of two NCS mAbs revealed that they rely on structural mimicry of sialic acid, the substrate of NA, by coordinating not only amino acid side chains but also water molecules, enabling inhibition of NA activity across multiple influenza A and B viruses, including avian influenza clade 2.3.4.4b H5N1 viruses. Our results provide a molecular basis for the broad reactivity and inhibitory activity of NCS mAbs targeting the catalytic site of NA through substrate mimicry.
リンクNat Commun / PubMed:40750617 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.29 - 4.18 Å
構造データ

48093

9eit

EMDB-48093, PDB-9eit:
NCS.1 Fab in complex with N5 NA of A/shorebird/Delaware Bay/309/2016 (DB16, H10N5) -- 4 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

48101

9eje

EMDB-48101, PDB-9eje:
NCS.1 Fab in complex with N5 NA of A/shorebird/Delaware Bay/309/2016 (DB16, H10N5) -- 3 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.18 Å

48102

9ejf

EMDB-48102, PDB-9ejf:
NCS.1.1 Fab in complex with the sNAp of A/California/04/2009 (CA09, H1N1) -- 4 Fabs [C4 Reconstruction]
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.29 Å

70264

9o9v

EMDB-70264, PDB-9o9v:
NCS.1.1 Fab in complex with the sNAp of A/California/04/2009 (CA09, H1N1) -- 4 Fabs [C1 Reconstruction]
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

ChemComp-CA:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • influenza a virus (A型インフルエンザウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / Neuraminidase / NCS.1 / Tetramer / Antibody / Fab / N5 / H10N5 / DB6 / Apo / NCS.1.1 / N1 / H1N5 / CA09

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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