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タイトルDisassembly activates Retron-Septu for antiphage defense.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 389, Issue 6762, Page eadv3344, Year 2025
掲載日2025年8月21日
著者Chen Wang / Anthony D Rish / Emily G Armbruster / Jiale Xie / Anna B Loveland / Zhangfei Shen / Bradley Gu / Andrei A Korostelev / Joe Pogliano / Tian-Min Fu /
PubMed 要旨Retrons are antiphage defense systems that produce multicopy single-stranded DNA (msDNA) and hold promise for genome engineering. However, the mechanisms of defense remain unclear. The Retron-Septu ...Retrons are antiphage defense systems that produce multicopy single-stranded DNA (msDNA) and hold promise for genome engineering. However, the mechanisms of defense remain unclear. The Retron-Septu system integrates retron and Septu antiphage defenses. Cryo-electron microscopy structures reveal asymmetric nucleoprotein complexes comprising a reverse transcriptase, msDNA (a hybrid of msdDNA and msrRNA), and two PtuAB copies. msdDNA and msrRNA are essential for assembling this complex, with msrRNA adopting a conserved lariat-like structure that regulates reverse transcription. Notably, the assembled Retron-Septu complex is inactive, with msdDNA occupying the PtuA DNA binding site. Activation occurs upon disassembly, releasing PtuAB, which degrades single-stranded DNA to restrict phage replication. This "arrest-and-release" mechanism underscores the dynamic regulatory roles of msDNA, advancing our understanding of antiphage defense strategies.
リンクScience / PubMed:40504952 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.47 Å
構造データ

47737

9e8z

EMDB-47737, PDB-9e8z:
4-component structure of retron Ec83
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

47738

9e90

EMDB-47738, PDB-9e90:
Ec83 Retron PtuA/PtuB (2-1) complex bound to ATP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.45 Å

47739

9e91

EMDB-47739, PDB-9e91:
Ec83 Retron PtuA Dimer bound to ATP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.31 Å

EMDB-47740: Retron Ec78 cryo-EM map at 3.01 A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.01 Å

70091

9o4a

EMDB-70091, PDB-9o4a:
Ec83 Retron PtuAB mutant complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / ATPase / HNH-Endonuclease / Retron / msDNA / Dimer / IMMUNE SYSTEM / PtuA / PtuB / HNH nuclease

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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