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タイトルA novel "bio-tag" for cryo-EM studies based on the small, electron-dense protein Csp1.
ジャーナル・号・ページBiophys J, Vol. 124, Issue 9, Page 1414-1423, Year 2025
掲載日2025年5月6日
著者Weekie Yao / Adam C Oken / David L Farrens
PubMed 要旨Small proteins can be challenging to study by single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) techniques because they have low signal-to-noise ratios, making them difficult to identify and ...Small proteins can be challenging to study by single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) techniques because they have low signal-to-noise ratios, making them difficult to identify and analyze. Here we investigated the use of Csp1, a small (∼50 kDa) tetrameric metal-binding protein, to act as a "bio-tag" to help overcome this problem. We find Csp1 is compact, stable, and exhibits enhanced electron scattering and excellent particle contrast in cryo-EM micrographs. As a result, we could determine the structure of Csp1 to 2.98-Å resolution using standard cryo-EM approaches. We also tested if Csp1 could be used as a tag or fiducial to help determine the structure of a protein bound to it. Specifically, we analyzed an epitope-tagged Csp1 bound to a ∼40 kDa Fab fragment from the antibody 1D4. Data from these complexes yielded medium-resolution structures of the complex (5.70 Å) and the bound 1D4 Fab (5.40 Å). These results suggest that, with further optimization, electron-rich Csp1 is a promising bio-tag for use in cryo-EM studies.
リンクBiophys J / PubMed:40620219 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.98 - 5.7 Å
構造データ

EMDB-47673: Cu-bound tetrameric copper storage protein 1 (Csp1) bound by anti-rhodopsin 1D4 antibody Fab fragment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.7 Å

EMDB-47674: Cu-bound tetrameric copper storage protein 1 (Csp1) in Csp1-1D4 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.09 Å

EMDB-47675: anti-rhodopsin 1D4 antibody Fab fragment in the complex with tetrameric copper storage protein 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.4 Å

EMDB-47677: apo tetrameric copper storage protein 1 with anti-rhodopsin 1D4 epitope
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.55 Å

47678

9e7j

EMDB-47678, PDB-9e7j:
Cu-bound tetrameric copper storage protein 1 with anti-rhodopsin 1D4 epitope
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

由来
  • methylosinus trichosporium ob3b (バクテリア)
  • Mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / tetrameric copper storage protein 1

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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