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Structure paper

タイトルEvolutionarily diverse caveolins share a common structural framework built around amphipathic disks.
ジャーナル・号・ページJ Cell Biol, Vol. 224, Issue 9, Year 2025
掲載日2025年9月1日
著者Bing Han / Sarah M Connolly / Darrin T Schultz / Louis F L Wilson / Alican Gulsevin / Jens Meiler / Erkan Karakas / Melanie D Ohi / Anne K Kenworthy /
PubMed 要旨Caveolins are a unique family of membrane remodeling proteins present broadly across animals (Metazoa), and in vertebrates form flask-shaped invaginations known as caveolae. While human caveolin-1 ...Caveolins are a unique family of membrane remodeling proteins present broadly across animals (Metazoa), and in vertebrates form flask-shaped invaginations known as caveolae. While human caveolin-1 assembles into an amphipathic disk composed of 11 spirally packed protomers, the structural basis underlying caveolin function across animals remains elusive. Here, we predicted structures for 73 caveolins spanning animal diversity, as well as a newly identified choanoflagellate caveolin from Salpingoeca rosetta. This analysis revealed seven conserved structural elements and a propensity to assemble into amphipathic disks. Cryo-EM structures of caveolins from S. rosetta choanoflagellate and the purple sea urchin Strongylocentrotus purpuratus exhibit striking structural similarities to human caveolin-1, validating the structural predictions. Lastly, tracing the chromosomal evolutionary history of caveolins revealed its parahoxozoan ancestral chromosome and evolutionary branches on which caveolins translocated and expanded. These results show that caveolins possess an ancient structural framework predating Metazoa and provide a new structural paradigm to explore the molecular basis of caveolin function across diverse evolutionary lineages.
リンクJ Cell Biol / PubMed:40772930 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.1 Å
構造データ

47022

9dn0

EMDB-47022, PDB-9dn0:
CryoEM structure of the Strongylocentrotus purpuratus caveolin complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

47023

9dn1

EMDB-47023, PDB-9dn1:
CryoEM structure of the Salpingoeca rosetta caveolin complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

由来
  • strongylocentrotus purpuratus (ムラサキウニ)
  • salpingoeca rosetta (真核生物)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Membrane-shaping protein / monotopic membrane protein / monotonic membrane protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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