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Structure paper

タイトルCost-benefit analysis of cryogenic electron tomography subtomogram averaging of chaperonin MmCpn at near atomic resolution.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 33, Issue 2, Page 372-380.e2, Year 2025
掲載日2025年2月6日
著者Yanyan Zhao / Michael F Schmid / Wah Chiu /
PubMed 要旨Cryogenic electron microscopy single particle analysis (cryoEM-SPA) has evolved into a routine approach for determining macromolecule structures to near-atomic resolution. Cryogenic electron ...Cryogenic electron microscopy single particle analysis (cryoEM-SPA) has evolved into a routine approach for determining macromolecule structures to near-atomic resolution. Cryogenic electron tomography subtomogram averaging (cryoET-STA) toward a similar resolution, in contrast, is still under active development. Here, we use the archeal chaperonin MmCpn as a model macromolecule to quantitatively investigate the resolution limiting factors of cryoET-STA in terms of cumulative electron dose, ice thickness, subtomogram numbers, and tilt angle ranges. By delineating the feasibility and experimental factors of attaining near atomic resolution structure with cryoET-STA, especially the effect of electron damage through the tilt series and inelastic scattering at various ice thickness, we encourage a customized tilt series collection strategy for efficient throughput. This study provides a biophysical basis for the application of cryoET-STA (for highly symmetric molecules like MmCpn) toward high resolution and the rationales in using cryoET-STA to achieve an efficient outcome at the desired resolution.
リンクStructure / PubMed:39644888 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度2.56 - 3.6 Å
構造データ

45793

9cpk

EMDB-45793: Closed state MmCpn under ATP/AlFx condition by subtomogram averaging
PDB-9cpk: D8 symmetry reconstruction of MmCPn in closed state
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 2.56 Å

EMDB-45794: MmCpn in closed state wit D9 symmetry
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-AF3:
ALUMINUM FLUORIDE

ChemComp-K:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • Archaea (unknown)
  • methanococcus maripaludis (古細菌)
キーワードCHAPERONE / Archaea chaperonin in closed state with ATP/AlFx

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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