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タイトルAssembly of respiratory syncytial virus matrix protein lattice and its coordination with fusion glycoprotein trimers.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 5923, Year 2024
掲載日2024年7月14日
著者Bryan S Sibert / Joseph Y Kim / Jie E Yang / Zunlong Ke / Christopher C Stobart / Martin L Moore / Elizabeth R Wright /
PubMed 要旨Respiratory syncytial virus (RSV) is an enveloped, filamentous, negative-strand RNA virus that causes significant respiratory illness worldwide. RSV vaccines are available, however there is still ...Respiratory syncytial virus (RSV) is an enveloped, filamentous, negative-strand RNA virus that causes significant respiratory illness worldwide. RSV vaccines are available, however there is still significant need for research to support the development of vaccines and therapeutics against RSV and related Mononegavirales viruses. Individual virions vary in size, with an average diameter of ~130 nm and ranging from ~500 nm to over 10 µm in length. Though the general arrangement of structural proteins in virions is known, we use cryo-electron tomography and sub-tomogram averaging to determine the molecular organization of RSV structural proteins. We show that the peripheral membrane-associated RSV matrix (M) protein is arranged in a packed helical-like lattice of M-dimers. We report that RSV F glycoprotein is frequently observed as pairs of trimers oriented in an anti-parallel conformation to support potential interactions between trimers. Our sub-tomogram averages indicate the positioning of F-trimer pairs is correlated with the underlying M lattice. These results provide insight into RSV virion organization and may aid in the development of RSV vaccines and anti-viral targets.
リンクNat Commun / PubMed:39004634 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度4.6 - 36.0 Å
構造データ

EMDB-44965: Sub-tomogram average of the RSV M lattice from native virions released from RSV-infected BEAS-2B cells cultured on EM grids
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-44966: Sub-tomogram average of a pair of RSV F trimers from native virions released from RSV-infected BEAS-2B cells cultured on EM grids
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 14.0 Å

EMDB-44968: Sub-tomogram average of two pairs of RSV F trimers from the surface of native virions released from RSV-infected BEAS-2B cells cultured on EM grids
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-44969: Sub-tomogram average of two pairs of RSV F trimers from the surface of native virions released from RSV-infected BEAS-2B cells cultured on EM grids
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 32.0 Å

EMDB-44971: Sub-tomogram average of two pairs of RSV F trimers from the surface of native virions released from RSV-infected BEAS-2B cells cultured on EM grids
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 36.0 Å

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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