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タイトルStructural basis of archaeal FttA-dependent transcription termination.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 635, Issue 8037, Page 229-236, Year 2024
掲載日2024年9月25日
著者Linlin You / Chengyuan Wang / Vadim Molodtsov / Konstantin Kuznedelov / Xinyi Miao / Breanna R Wenck / Paul Ulisse / Travis J Sanders / Craig J Marshall / Emre Firlar / Jason T Kaelber / Thomas J Santangelo / Richard H Ebright /
PubMed 要旨The ribonuclease FttA (also known as aCPSF and aCPSF1) mediates factor-dependent transcription termination in archaea. Here we report the structure of a Thermococcus kodakarensis transcription pre- ...The ribonuclease FttA (also known as aCPSF and aCPSF1) mediates factor-dependent transcription termination in archaea. Here we report the structure of a Thermococcus kodakarensis transcription pre-termination complex comprising FttA, Spt4, Spt5 and a transcription elongation complex (TEC). The structure shows that FttA interacts with the TEC in a manner that enables RNA to proceed directly from the TEC RNA-exit channel to the FttA catalytic centre and that enables endonucleolytic cleavage of RNA by FttA, followed by 5'→3' exonucleolytic cleavage of RNA by FttA and concomitant 5'→3' translocation of FttA on RNA, to apply mechanical force to the TEC and trigger termination. The structure further reveals that Spt5 bridges FttA and the TEC, explaining how Spt5 stimulates FttA-dependent termination. The results reveal functional analogy between bacterial and archaeal factor-dependent termination, functional homology between archaeal and eukaryotic factor-dependent termination, and fundamental mechanistic similarities in factor-dependent termination in bacteria, archaea, and eukaryotes.
リンクNature / PubMed:39322680
手法EM (単粒子)
解像度2.2 - 2.67 Å
構造データ

44438

9bct

EMDB-44438, PDB-9bct:
Cryo-EM structure of Thermococcus kodakarensis FttA-dependent transcription pre-termination complex containing 44 nt RNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

44439

9bcu

EMDB-44439, PDB-9bcu:
Cryo-EM structure of Thermococcus kodakarensis FttA-dependent transcription pre-termination complex containing 52 nt RNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

EMDB-44454: Cryo-EM structure of Thermococcus kodakarensis FttA-dependent transcription pre-termination complex containing 44 nt RNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-44455: Cryo-EM structure of Thermococcus kodakarensis FttA-dependent transcription pre-termination complex containing 52 nt RNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

EMDB-44649: Cryo-EM structure of Thermococcus kodakarensis FttA-dependent transcription pre-termination complex containing 44 nt RNA (local refinement map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.67 Å

EMDB-44650: Cryo-EM structure of Thermococcus kodakarensis FttA-dependent transcription pre-termination complex containing 52 nt RNA (local refinement map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.34 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • thermococcus kodakarensis (古細菌)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードTRANSCRIPTION / RNA polymerase / pre-termination complex / FttA / archaea

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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