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Structure paper

タイトルThe structural basis of translational control by eIF2 phosphorylation.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 10, Issue 1, Page 2136, Year 2019
掲載日2019年5月13日
著者Tomas Adomavicius / Margherita Guaita / Yu Zhou / Martin D Jennings / Zakia Latif / Alan M Roseman / Graham D Pavitt /
PubMed 要旨Protein synthesis in eukaryotes is controlled by signals and stresses via a common pathway, called the integrated stress response (ISR). Phosphorylation of the translation initiation factor eIF2 ...Protein synthesis in eukaryotes is controlled by signals and stresses via a common pathway, called the integrated stress response (ISR). Phosphorylation of the translation initiation factor eIF2 alpha at a conserved serine residue mediates translational control at the ISR core. To provide insight into the mechanism of translational control we have determined the structures of eIF2 both in phosphorylated and unphosphorylated forms bound with its nucleotide exchange factor eIF2B by electron cryomicroscopy. The structures reveal that eIF2 undergoes large rearrangements to promote binding of eIF2α to the regulatory core of eIF2B comprised of the eIF2B alpha, beta and delta subunits. Only minor differences are observed between eIF2 and eIF2αP binding to eIF2B, suggesting that the higher affinity of eIF2αP for eIF2B drives translational control. We present a model for controlled nucleotide exchange and initiator tRNA binding to the eIF2/eIF2B complex.
リンクNat Commun / PubMed:31086188 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.93 - 4.61 Å
構造データ

4404

6i3m

EMDB-4404, PDB-6i3m:
eIF2B:eIF2 complex, phosphorylated on eIF2 alpha serine 52.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.93 Å

4428

6i7t

EMDB-4428, PDB-6i7t:
eIF2B:eIF2 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.61 Å

由来
  • Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードTRANSLATION / Translational control eIF2 phosphorylation Integrated stress response eIF2B TRANSLATION / Translational control eIF2 Integrated stress response eIF2B TRANSLATION

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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