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タイトルAnti-immune complex antibodies are elicited during repeated immunization with HIV Env immunogens.
ジャーナル・号・ページSci Immunol, Vol. 10, Issue 103, Page eadp5218, Year 2025
掲載日2025年1月17日
著者Sharidan Brown / Aleksandar Antanasijevic / Leigh M Sewall / Daniel Montiel Garcia / James Ferguson / Philip J M Brouwer / Rogier W Sanders / Andrew B Ward /
PubMed 要旨Vaccination strategies against HIV-1 aim to elicit broadly neutralizing antibodies (bnAbs) using prime-boost regimens with HIV envelope (Env) immunogens. Epitope mapping has shown that early antibody ...Vaccination strategies against HIV-1 aim to elicit broadly neutralizing antibodies (bnAbs) using prime-boost regimens with HIV envelope (Env) immunogens. Epitope mapping has shown that early antibody responses are directed to easily accessible nonneutralizing epitopes on Env instead of bnAb epitopes. Autologously neutralizing antibody responses appear upon boosting, once immunodominant epitopes are saturated. Here, we use electron microscopy-based polyclonal epitope mapping (EMPEM) to elucidate how repeated immunization with HIV Env SOSIP immunogens results in the generation of Ab2α anti-idiotypic antibodies in rabbits and rhesus macaques. We present the structures of six anti-immune complex antibodies and find that they target idiotopes composed of framework regions of antibodies bound to Env. Examination of cryo-electron microscopy density enabled prediction of sequences for an anti-immune complex antibody, the paratope of which is enriched with aromatic amino acids. This work sheds light on current vaccine development efforts for HIV, as well as for other pathogens in which repeated exposure to antigen is required.
リンクSci Immunol / PubMed:39823319 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 26.0 Å
構造データ

EMDB-43838, PDB-9atz:
HIV 16055.v8.3 SOSIP Env in Complex with V2 Epitope and Anti-Immune Complex pAbs from Rabbit 2464
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-43894: HIV-1 B41 SOSIP.v4.1 Env in Complex with N241 Epitope and Anti-Immune Complex Antibodies
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.8 Å

EMDB-43895: nsEM of HIV-1 16055 SOSIP.v8.3 Env in Complex with Week 6 Base pAb (Rabbit ID: 2464)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-43896: nsEM of HIV-1 16055 SOSIP.v8.3 Env in Complex with Week 22 N611, V2, and Base Epitope pAbs (Rabbit ID: 2464)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 23.0 Å

EMDB-43909: nsEM of HIV-1 16055 SOSIP.v8.3 Env in Complex with Week 22 N611/N625, V2, C3/V5 and Base Epitope pAbs (Rabbit ID: 2463)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-43910: nsEM of HIV-1 CH505/BG505 SOSIP.v8.1 Env in Complex with Week 6 Base Epitope pAb (Rabbit ID: 2474)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-43911: nsEM of HIV-1 CH505/BG505 SOSIP.v8.1 Env in Complex with Week 26 V1/V3, V2, C3/V5, gp120-Interface, N611, Base, and Anti-Immune Complex Epitope pAbs (Rabbit ID: 2474)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-43915: nsEM of HIV-1 B41 SOSIP.v4.1 Env in Complex with Week 4 N611 and Base Epitope pAbs (Rabbit ID: 1646)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-43916: nsEM of HIV-1 B41 SOSIP.v4.1 Env in Complex with Week 6 N611 and Base Epitope pAbs (Rabbit ID: 1646)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-43917: nsEM of HIV-1 B41 SOSIP.v4.1 Env in Complex with Week 22 N611, N241, Base, and Anti-Immune Complex Epitope pAbs (Rabbit ID: 1646)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-43918: nsEM of HIV-1 BG505 SOSIP.v5.2 (N289/N241) Env in Complex with Week 10 N289 and Base Epitope pAbs (NHP ID: Rh33203)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-43919: nsEM of HIV-1 BG505 SOSIP.v5.2 (N289/N241) Env in Complex with Week 26 gp120-Interface, N289, C3/V5 and Base Epitope pAbs (NHP ID: Rh33203)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-43935, PDB-9axd:
HIV BG505.v5.2 (N289/N241) SOSIP Env in Complex with gp120-Interface pAb from Rh.33203
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-43967, PDB-9axi:
HIV 16055.v8.3 SOSIP Env in Complex with Base and N625 Epitope pAbs from Rabbit 2463
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-43968, PDB-9axk:
HIV 16055.v8.3 SOSIP Env in Complex with Base and N611 Epitope pAbs from Rabbit 2463
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-43981, PDB-9ay6:
HIV BG505.v5.2 (N289/N241) SOSIP Env in Complex with V5 pAb from Rh.33203
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-43998, PDB-9ays:
HIV BG505.v5.2 (N289/N241) SOSIP Env in Complex with V5, gp120-Interface, and Anti-Immune Complex pAbs from Rh.33203
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-43999, PDB-9ayv:
HIV CH505/BG505 SOSIP.v8.1 Env in Complex with V1/V3 Epitope and Anti-Immune Complex pAbs from Rabbit 2474
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-44076: nsEM of HIV-1 BG505 SOSIP.v5.2 (N289/N241) Env in Complex with Week 38 gp120-Interface, N289, C3/V5, Base, and Anti-Immune Complex Epitope pAbs (NHP ID: Rh33203)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス

由来
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • macaca mulatta (アカゲザル)
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV / Polyclonal / Antibodies / CryoEMPEM / Rabbit / Anti-Immune Complex / V1/V3 / NHP / Macaque / gp120-Interface / EMPEM / Polyclonal Antibodies / N625 / Base / SOSIP / N611 / V5

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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