[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルSequence-programmable covalent bonding of designed DNA assemblies.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 4, Issue 8, Page eaau1157, Year 2018
掲載日2018年8月17日
著者Thomas Gerling / Massimo Kube / Benjamin Kick / Hendrik Dietz /
PubMed 要旨Bottom-up fabrication of custom nanostructures using the methods of DNA nanotechnology has great potential for applications in many areas of science and technology. One obstacle to applications ...Bottom-up fabrication of custom nanostructures using the methods of DNA nanotechnology has great potential for applications in many areas of science and technology. One obstacle to applications concerns the constrained environmental conditions at which DNA objects retain their structure. We present a general, site-selective, and scalable method for creating additional covalent bonds that increase the structural stability of DNA nanostructures. Placement of thymidines in close proximity within DNA nanostructures allows the rational creation of sites for covalent cyclobutane pyrimidine dimer (CPD) bonds induced via ultraviolet irradiation. The additional covalent bonds may be used in a sequence-programmable fashion to link free strand termini, to bridge strand breaks at crossover sites, and to create additional interhelical connections. Thus designed multilayer DNA origami objects can remain stable at temperatures up to 90°C and in pure double-distilled water with no additional cations present. In addition, these objects show enhanced resistance against nuclease activity. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) structural analysis of non-cross-linked and cross-linked objects indicated that the global shape and the internal network of crossovers are preserved after irradiation. A cryo-EM map of a CPD-stabilized multilayer DNA origami object determined at physiological ionic strength reveals a substantial swelling behavior, presumably caused by repulsive electrostatic forces that, without covalent stabilization, would cause disassembly at low ionic strength. Our method opens new avenues for applications of DNA nanostructures in a wider range of conditions.
リンクSci Adv / PubMed:30128357 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度17.0 - 22.0 Å
構造データ

EMDB-0027:
Sequence-programmable covalent bonding of designed DNA assemblies, brick-like_object_with_TT-motifs_(1)-(3)_crosslinked
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-0028:
Sequence-programmable covalent bonding of designed DNA assemblies, brick-like_object_with_TT-motifs_(1)-(3)_crosslinked_PBS
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-0029:
Sequence-programmable covalent bonding of designed DNA assemblies, brick-like_object_with_TT-motifs_(1)-(4)_crosslinked
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-4354:
Sequence-programmable covalent bonding of designed DNA assemblies, brick-like_object_with_TT-motifs_(1)-(3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-4357:
Sequence-programmable covalent bonding of designed DNA assemblies, brick-like_object_with_TT-motifs_(1)-(4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

由来
  • synthetic construct (人工物)

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る