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タイトルIn situ architecture of Opa1-dependent mitochondrial cristae remodeling.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 43, Issue 3, Page 391-413, Year 2024
掲載日2024年1月15日
著者Michelle Y Fry / Paula P Navarro / Pusparanee Hakim / Virly Y Ananda / Xingping Qin / Juan C Landoni / Sneha Rath / Zintis Inde / Camila Makhlouta Lugo / Bridget E Luce / Yifan Ge / Julie L McDonald / Ilzat Ali / Leillani L Ha / Benjamin P Kleinstiver / David C Chan / Kristopher A Sarosiek / Luke H Chao /
PubMed 要旨Cristae membrane state plays a central role in regulating mitochondrial function and cellular metabolism. The protein Optic atrophy 1 (Opa1) is an important crista remodeler that exists as two forms ...Cristae membrane state plays a central role in regulating mitochondrial function and cellular metabolism. The protein Optic atrophy 1 (Opa1) is an important crista remodeler that exists as two forms in the mitochondrion, a membrane-anchored long form (l-Opa1) and a processed short form (s-Opa1). The mechanisms for how Opa1 influences cristae shape have remained unclear due to lack of native three-dimensional views of cristae. We perform in situ cryo-electron tomography of cryo-focused ion beam milled mouse embryonic fibroblasts with defined Opa1 states to understand how each form of Opa1 influences cristae architecture. In our tomograms, we observe a variety of cristae shapes with distinct trends dependent on s-Opa1:l-Opa1 balance. Increased l-Opa1 levels promote cristae stacking and elongated mitochondria, while increased s-Opa1 levels correlated with irregular cristae packing and round mitochondria shape. Functional assays indicate a role for l-Opa1 in wild-type apoptotic and calcium handling responses, and show a compromised respiratory function under Opa1 imbalance. In summary, we provide three-dimensional visualization of cristae architecture to reveal relationships between mitochondrial ultrastructure and cellular function dependent on Opa1-mediated membrane remodeling.
リンクEMBO J / PubMed:38225406 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー)
構造データ

EMDB-43049: Cryo-electron tomogram of mitochondria from cryo-FIB milled l-Opa1* mouse embryonic fibroblasts
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43050: cryo-electron tomogram of mitochondria in cryo-FIB milled l-Opa1* mouse embryonic fibroblasts
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43051: cryo-electron tomogram of mitochondria in cryo-FIB milled l-Opa1* mouse embryonic fibroblasts
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43052: cryo-electron tomogram of mitochondria in cryo-FIB milled l-Opa1* mouse embryonic fibroblasts
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43053: Cryo-electron tomogram of mitochondria in cryo-FIB milled s-Opa1* mouse embryonic fibroblasts
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43054: cryo-electron tomogram of mitochondria in cryo-FIB milled s-Opa1* mouse embryonic fibroblasts
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43055: cryo-electron tomogram of mitochondria in cryo-FIB milled s-Opa1* mouse embryonic fibroblasts
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43056: cryo-electron tomogram of mitochondria in cryo-FIB milled s-Opa1* mouse embryonic fibroblasts
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43057: Cryo-electron tomogram of mitochondria in cryo-FIB milled s-Opa1* mouse embryonic fibroblasts
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43058: Cryo-electron tomogram of mitochondria in cryo-FIB milled mouse embryonic fibroblasts with OPA1 deletion
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43059: Cryo-electron tomogram of mitochondria in cryo-FIB milled mouse embryonic fibroblasts with OPA1 deletion
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43060: Cryo-electron tomogram of mitochondria in cryo-FIB milled mouse embryonic fibroblasts with OPA1 deletion
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43061: Cryo-electron tomogram of mitochondria in cryo-FIB milled mouse embryonic fibroblasts with OPA1 deletion
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43062: Cryo-electron tomogram of mitochondria in cryo-FIB milled mouse embryonic fibroblasts with OPA1 deletion
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43063: Cryo-electron tomogram of mitochondria in cryo-FIB milled mouse embryonic fibroblasts
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43064: Cryo-electron tomogram of mitochondria in cryo-FIB milled mouse embryonic fibroblasts
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43065: Cryo-electron tomogram of mitochondria in cryo-FIB milled mouse embryonic fibroblasts
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43066: Cryo-electron tomogram of mitochondria in cryo-FIB milled mouse embryonic fibroblasts
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43067: Cryo-electron tomogram of mitochondria in cryo-FIB milled mouse embryonic fibroblasts with overexpression of OPA1
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43068: Cryo-electron tomogram of mitochondria in cryo-FIB milled mouse embryonic fibroblasts with overexpression of OPA1
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43069: Cryo-electron tomogram of mitochondria in cryo-FIB milled mouse embryonic fibroblasts with overexpression of OPA1
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-43070: Cryo-electron tomogram of mitochondria in cryo-FIB milled mouse embryonic fibroblasts with overexpression of OPA1
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • Mus musculus (ハツカネズミ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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