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タイトルHeterologous Prime-Boost with Immunologically Orthogonal Protein Nanoparticles for Peptide Immunofocusing.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2024
掲載日2024年2月26日
著者Sonia Bhattacharya / Matthew C Jenkins / Parisa Keshavarz-Joud / Alisyn Retos Bourque / Keiyana White / Amina M Alvarez Barkane / Anton V Bryksin / Carolina Hernandez / Mykhailo Kopylov / M G Finn /
PubMed 要旨Protein nanoparticles are effective platforms for antigen presentation and targeting effector immune cells in vaccine development. Encapsulins are a class of protein-based microbial nanocompartments ...Protein nanoparticles are effective platforms for antigen presentation and targeting effector immune cells in vaccine development. Encapsulins are a class of protein-based microbial nanocompartments that self-assemble into icosahedral structures with external diameters ranging from 24 to 42 nm. Encapsulins from were designed to package bacterial RNA when produced in and were shown to have immunogenic and self-adjuvanting properties enhanced by this RNA. We genetically incorporated a 20-mer peptide derived from a mutant strain of the SARS-CoV-2 receptor binding domain (RBD) into the encapsulin protomeric coat protein for presentation on the exterior surface of the particle. This immunogen elicited conformationally-relevant humoral responses to the SARS-CoV-2 RBD. Immunological recognition was enhanced when the same peptide was presented in a heterologous prime/boost vaccination strategy using the engineered encapsulin and a previously reported variant of the PP7 virus-like particle, leading to the development of a selective antibody response against a SARS-CoV-2 RBD point mutant. While generating epitope-focused antibody responses is an interplay between inherent vaccine properties and B/T cells, here we demonstrate the use of orthogonal nanoparticles to fine-tune the control of epitope focusing.
リンクbioRxiv / PubMed:38464232 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.2 - 6.35 Å
構造データ

EMDB-43013: Myxococcus xanthus HEnc-K417N(A) protein shell with icosahedral T=1 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.91 Å

EMDB-43016: Myxococcus xanthus HEnc-K417N(A) protein shell with tetrahedral symmetry (12 pentamers, 4 hexamers)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.91 Å

EMDB-43037: Myxococcus xanthus HEnc-K417N(A) protein shell with D3 symmetry (12 pentamers, 3 hexamers)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.91 Å

EMDB-43038: Myxococcus xanthus HEnc-K417N(A) protein shell with D6 symmetry (12 pentamers, 8 hexamers)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.08 Å

EMDB-43039: Myxococcus xanthus HEnc-K417N(A) protein shell with C2 symmetry (12 pentamers, 9 hexamers)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.27 Å

EMDB-43040: Myxococcus xanthus HEnc-K417N(A) protein shell with D3 symmetry (12 pentamers, 11 hexamers)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.35 Å

EMDB-43041: Myxococcus xanthus HEnc-K417N(A) protein shell with D2 symmetry (12 pentamers, 12 hexamers)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.88 Å

EMDB-43042: Myxococcus xanthus HEnc-K417N(A) protein shell with D2 symmetry (12 pentamers, 14 hexamers)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.08 Å

EMDB-43043: Myxococcus xanthus HEnc-K417N(A) protein shell with D5 symmetry (12 pentamers, 15 hexamers)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.91 Å

EMDB-43113: Myxococcus xanthus EncA WT protein shell with icosahedral symmetry T=3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

由来
  • Myxococcus xanthus (バクテリア)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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