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Structure paper

タイトルA systematic search for RNA structural switches across the human transcriptome.
ジャーナル・号・ページNat Methods, Vol. 21, Issue 9, Page 1634-1645, Year 2024
掲載日2024年7月16日
著者Matvei Khoroshkin / Daniel Asarnow / Shaopu Zhou / Albertas Navickas / Aidan Winters / Jackson Goudreau / Simon K Zhou / Johnny Yu / Christina Palka / Lisa Fish / Ashir Borah / Kian Yousefi / Christopher Carpenter / K Mark Ansel / Yifan Cheng / Luke A Gilbert / Hani Goodarzi /
PubMed 要旨RNA structural switches are key regulators of gene expression in bacteria, but their characterization in Metazoa remains limited. Here, we present SwitchSeeker, a comprehensive computational and ...RNA structural switches are key regulators of gene expression in bacteria, but their characterization in Metazoa remains limited. Here, we present SwitchSeeker, a comprehensive computational and experimental approach for systematic identification of functional RNA structural switches. We applied SwitchSeeker to the human transcriptome and identified 245 putative RNA switches. To validate our approach, we characterized a previously unknown RNA switch in the 3' untranslated region of the RORC (RAR-related orphan receptor C) transcript. In vivo dimethyl sulfate (DMS) mutational profiling with sequencing (DMS-MaPseq), coupled with cryogenic electron microscopy, confirmed its existence as two alternative structural conformations. Furthermore, we used genome-scale CRISPR screens to identify trans factors that regulate gene expression through this RNA structural switch. We found that nonsense-mediated messenger RNA decay acts on this element in a conformation-specific manner. SwitchSeeker provides an unbiased, experimentally driven method for discovering RNA structural switches that shape the eukaryotic gene expression landscape.
リンクNat Methods / PubMed:39014073 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度9.9 - 10.2 Å
構造データ

EMDB-42275: RORC mRNA 3'UTR riboswitch class A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-42276: RORC mRNA 3'UTR riboswitch class B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-42277: RORC mRNA 3'UTR riboswitch class C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-42400: RORC mRNA 3'UTR riboswitch A97G/G98A mutant class C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.9 Å

EMDB-42401: RORC mRNA 3'UTR riboswitch 77-GA mutant class A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.1 Å

EMDB-42403: RORC mRNA 3'UTR riboswitch 117-AC mutant class C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.9 Å

EMDB-42404: RORC mRNA 3'UTR riboswitch 117-AC mutant class B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.2 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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